本书以西藏高原3种裂腹鱼及部分鲤科鱼类的线粒体全基因组数据为例，全面介绍了如何构建系统发育树并应用PAML程序对ML树上所有分支进行适应性进化分析，在此基础上进一步介绍构建cDNA SMART文库的方法，以及如何应用生物信息学的方法分析EST片段。 本书可供高等院校生物科学、生物技术和生物工程等方面的专业技术人员及有关专业师生阅读使用，也可供相关的科研、技术和管理人员参考使用。

前言
第一章 绪论
第一节 生物分子数据库
一、核酸数据库
二、蛋白质数据库
三、生物大分子结构数据库
第二节 线粒体基因组研究
一、动物线粒体基因组的基本特征
二、线粒体基因组的分析方法
三、线粒体基因组的进化特征
四、DNA条形码的应用
第三节 分子系统发育分析
一、分子序列数据的特点
二、重建系统发育关系
三、分子系统发育分析的常用软件
第四节 适应性进化分析
一、分子进化的中性学说
二、适应性进化检测的原理和方法
三、基于密码子水平分析线粒体基因组的选择压力
四、适应性进化检测的常用软件——CODEML
第五节 cDNA文库的构建及EST技术的应用
一、SMART cDNA文库
二、EST技术的应用
三、电子克隆技术及其应用
第六节 裂腹鱼类的研究概述
一、裂腹鱼类的起源、分布、形态和分类
二、裂腹鱼类的演化与青藏高原环境变化的关系
三、裂腹鱼类线粒体基因的研究现状
第二章 拉萨裸裂尻鱼、异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼线粒体全基因组的测定
第一节 材料与方法
一、样品采集
二、实验仪器与试剂
三、实验方法
第二节 结果与分析
一、线粒体全基因组的结构特征
二、蛋白质编码基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop区
六、密码子使用分析
七、与其它鲤科鱼类线粒体全基因组的比较
第三节 讨论
第四节 小结
第三章 用线粒体基因组和RAG2探讨鲤科的系统发育关系并估算分歧时间
第一节 材料与方法
一、外类群的选择
二、数据来源
三、数据分析
四、系统发育树的构建
五、分歧时间估算
第二节 结果与分析
一、序列分析
二、系统发育分析
三、分歧时间估算
第三节 讨论
一、序列变异及其系统发育意义
二、不同构树方法的比较
三、亚科间的进化分析
四、裂腹鱼亚科的分支发生事件
第四节 小结
第四章 用线粒体全基因组探讨裂腹鱼类的适应性进化
第一节 材料与方法
一、数据来源
二、dN/dS分析
三、正选择位点检测
第二节 结果与分析
一、鲤科rRNAs & PCGs联合基因的适应性进化检测
二、裂腹鱼亚科CYTB基因的适应性进化检测
第三节 讨论
第四节 小结
第五章 拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的构建、EST测序及生物信息学分析
第一节 材料与方法
一、实验材料
二、实验仪器与试剂
三、实验方法
第二节 结果与分析
一、总RNA的提取和mRNA分离
二、拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的构建和鉴定
三、EST测定及生物信息学分析
第三节 讨论
一、拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的构建
二、EST序列的生物信息学分析
第四节 小结
第六章 总结与展望
一、本研究的主要结果
二、进一步的研究方向
参考文献