第一部分以特别法人制度的构建为基础，对集体经济组织改革的目标、相关的制度供给和制度需求进行研究，在分析集体经济组织与农民集体、集体经济组织与集体成员等关系的基础上，分析集体经济组织改革的特殊性。以此为全文的研究提供基础，并分析集体产权制度改革对集体经济组织改革的影响。

第二部分从集体经济组织的设立、组织形式、存在基础和职能等方面，研究集体经济组织主体地位的特别性。集体经济组织的设立是自上而下的改革要求和自下而上的改革压力互动的结果，从设立时起，既不同于其他市场主体的产生，也承担不同于其他市场主体的职能。而集体经济组织与集体所有权的关系，对集体经济组织改革有决定性影响。

如果说第一部分和第二部分的研究具有宏观性的特点，而第三部分则开始进入集体经济组织的内部，从主体的角度研究集体经济组织成员与集体经济组织股东之间的关系。从主体的范围来说，集体经济组织成员与集体经济组织股东之间并不具有对应的关系，集体经济组织成员可能不是集体经济组织股东，集体股东也可能不是集体经济组织成员；从权利的内容来说，集体经济组织成员权的内容与集体经济组织股权具有不一致性，相对来说，集体经济组织股权的范围较窄。在集体经济组织改革过程中，集体成员权、集体经济组织成员权与集体经济组织股权交织在一起。

第四部分对集体经济组织改革中的股权户进行专门研究，在界定“户”“家户”和“农户”三个概念的基础上，对集体经济组织改革中的确权到人和确权到户进行分析，在此基础上构建股权户的法律地位，并试图对户的内部法律关系进行分析。<br>第五部分涉及集体经济组织财产与集体经济组织股权，集体经济组织财产与集体财产、集体经济组织股权与集体财产之间的关系在理论上多有争议，此类争论直接涉及到集体经济组织的主体地位问题，特别是集体经济组织与农民集体的关系。而集体资产的折股量化以及股权配置和管理，特别是集体经济组织股权的内容，则是集体经济组织改革的关键。

第六部分以集体经济组织章程为基础，研究集体经济组织经营管理的特殊性。集体经济组织章程具有自治性和强制性的特点，而功能主义立法也对集体经济组织的机构设置产生影响。但是集体经济组织既不同于公司法人以资本为基础，也不同于农业生产合作社法人以劳动为基础，再加上在设立的过程中并不是完全以意思自治为基础，从而使集体经济组织治理机构的设置具有复杂性，治理主体具有多元性的特点。

最后一部分是选取调研过程中发现的一些典型做法进行总结。这些看起来具有个别性的经验既是对现有集体经济组织改革相关的规范性文件的反应，也对集体经济组织立法提出了相应的要求。而在集体经济组织改革过程中，各地的实践做法则直接推动并影响集体经济组织改革在全国范围内的推行。