《医学启源》系金代张元素为教授弟子而作。全书分三卷，以《黄帝内经》理论为本，旁参各家学说，结合个人心得编成。上卷论脏腑、经脉、病因、主治心法等；中卷论《黄帝内经》主治备要和六气方治；下卷为用药备旨，分述药性的气味厚薄、寒热升降，以及四气五味、五脏苦欲等理论。论证简要，选方不泥于古，分析药物归经有创新见解，对后世影响深远。

卷之上
一、天地六位脏象图
二、手足阴阳
（一）手足三阴三阳
（二）手三阴三阳
（三）足三阴三阳
三、五脏六腑，除心包络十一经脉证法
（一）肝之经，肝脉本部在于筋，足厥阴，风，乙木也
（二）胆之经，足少阳，风，甲木
（三）心之经，心脉本部在于血，手少阴君丁火也
（四）小肠经，手太阳，丙火
（五）脾之经，脾脉本在肌肉，足太阴，湿，已土
（六）胃之经，足阳明，湿，戊土
（七）心包络，手厥阴，为母血
（八）三焦，手少阳，为父气
（九）肺之经，肺之脉本部在于皮毛，手太阴，燥，辛金
（十）大肠经，手阳明，燥，庚金
（十一）肾之经，命门，肾脉本部在足少阴，寒，癸水
（十二）膀胱经，足太阳，寒，壬水
四、三才治法
五、三感之病
六、四因之病
七、五郁之病
八、六气主治要法
九、主治心法
（一）随证治病用药
（二）用药凡例
（三）解利外感
（四）伤寒热食物
（五）目疾
（六）泻痢水泄
（七）中风
（八）破伤风
（九）破伤中风法
（十）疮疡
（十一）妇人
（十二）小儿
（十三）潮热
（十四）咳嗽
（十五）五脏补泻法
卷之中
十、《内经》主治备要
（一）五运主病
（二）六气为病
（三）五运病解
（四）六气病解
十一、六气方治
（一）风
（二）暑热
（三）湿土
（四）火
（五）燥
（六）寒水
卷之下
十二、用药备旨
（一）气味厚薄寒热阴阳升降之图
（二）药性要旨
（三）用药升降浮沉补泻法
（四）脏气法时补泻法
（五）治法纲要
（六）用药用方辨
（七）去脏腑之火
（八）各经引用
（九）五味所用
（十）用药各定分两
（十一）药性生熟用法
（十二）药用根梢法
（十三）五脏六腑相生相克为夫妻子母
（十四）七神
（十五）制方法
（十六）哎咀药味
（十七）药类法象
（十八）法象余品
（十九）五行制方生克法