《基因论》全面阐述了摩尔根的染色体遗传理论，其内容包括遗传学的基本原理、遗传的机制、突变的起源、染色体畸变、基因和染色体在性别决定方面的作用等。本书不但总结了摩尔根小组自己的遗传研究成果，而且对当时已经发现的重要遗传学现象都做出了解释，是孟德尔—摩尔根学派观点的系统展现，其理论是遗传学发展史上的一次大飞跃。现代遗传理论是基于具有一种或多种不同性状的两个个体杂交得出的数据推演出的。该理论主要研究个体间呈现出来的遗传单位代际分布情况。正如化学家假定存在看不见的原子、物理学家假定存在看不见的电子一样，遗传学者也假定存在看不见的基本元素，并将其称为基因。这一类比成立的关键在于，他们都是从定量化的数据中得出结论。这些理论得以成立的前提在于，它们能够帮助我们做出某种基于定量化数据的预测。在这种意义上，基因理论与以往生物学理论的区别在于，虽然以往的生物学理论也假定存在看不见的基本单位，但它认为这些单位的性质是任意的，基因理论则以定量化数据为唯一依据来指定基因单位的性质。

第一章 遗传的基本原则
孟德尔的两条定律
连锁
交换
许多基因在杂交中同时互换
基因的直线排列
基因论
第二章 遗传的粒子理论
第三章 遗传机制
孟德尔两定律的机制
连锁群的数目和染色体对数
染色体的完整性和延续性
交换的机制
第四章 染色体和基因
第五章 突变性状的起源
第六章 突变型隐性基因
隐性性状与基因的缺失
回原突变（返祖型）在突变过程中的作用
关于多个等位基因的证据
结论
第七章 相关种类中基因的位置
第八章 四倍体
四倍型是增加物种基因数目的一种手段
第九章 三倍体
第十章 单倍体
第十一章 多倍系
多倍体小麦
多倍体蔷薇
其他多倍系
第十二章 异倍体
第十三章 物种杂交与染色体数目的变化
第十四章 性别与基因
昆虫型（XX-XY）
鸟型（WZ-ZZ）
雌雄异株显花植物中的性染色体
藓类的性别决定
第十五章 其他涉及性染色体的性别鉴定方法
X染色体附着在常染色体上
Y染色体
成雄精子的退化
二倍型卵子排出一条义染色体产生雄性
意外损失一条染色体所引起的性别决定
二倍体雌性和单倍体雄性
单倍体的性别
低等植物的性别及其意义
第十六章 性中型
来自三倍体果蝇的性中型
毒蛾里的性中型
性器官不发达的雌犊
第十七章 性转化
环境变化的影响
与年龄有关的性别变化
蛙类的性别和性转化
雄蟾的Bidder器向卵巢的转化
Miastor的性转化
鸟类的性转化
鸟类卵巢摘除术的影响
侧联双生蝾螈的性别
大麻的性转化
第十八章 基因的稳定性
第十九章 一般性结论
染色体数目和基因的变化
突变过程是否源于基因的退化
基因是否属于有机分子的范畴