第一章 引言：理解生命现象的11个时间节点
“活”与“死”
盲人摸象与身在此山
何谓“自然”?理解生命现象的11个时间节点
虚拟与实体
好／不好，对／不对，合理／不合理
实用性、合理性、客观性
什么是“科学”？
为什么现代科学源自天文观察？
乐高积木的拆与拼
第二章 探索的历程：人类生命观是如何构建的？
前科学时代
历史上人们为什么会关心生物？
生物学家都在谈点儿啥Ⅰ：信息来源
生物学家都在谈点儿啥Ⅱ：不同时代的不同形式
生物学家都在谈点儿啥Ⅲ：当下生物学观念体系及节点概念
解读生命现象与我们的日常生活有关吗？
第三章 什么叫“活”——一个基于既存生命知识的理想实验：结构换能量循环
常识中有关“活”与“死”的循环论证怪圈
在科学领域探索生命本质的经典问题：“生命是什么?”
怎么会想到问“什么是‘活”’——背景Ⅰ：对生命现象几个特点的关注
怎么会想到问“什么是‘活”’——背景Ⅱ：有关生命系统的几个基本事实
怎么会想到问“什么是‘活”’——背景Ⅲ：一个“结构换能量”的理想实验
什么是“活”——结构换能量循环
打破循环定义怪圈——“活”是特殊组分在特殊环境因子
参与下的特殊相互作用
有关“活”的全新定义方式的特点与意义
第四章 什么叫“演化”——源自基于IMFBC结构自／异催化的共价键自发形成
演化词义的沿革
生命大分子形成所必需的共价键有可能自发形成吗？
在IMFBC前体上共价键自发产生的神奇副作用：正反馈自组织
基于结构换能量循环的演化过程的基本模式：组分变异、互作创新、适度者生存
迭代：演化词义的一种更具普适性的表述
第五章 什么叫“环境”——环境因子是“活”的结构换能量循环不可或缺的构成要素
不期而然：我们是怎么意识到特殊环境因子是结构换能量循环的构成要素的？
为什么环境被看作是生物的生存条件而不是生物的构成要素
特殊环境因子的迭代Ⅰ：水是生命分子吗
特殊环境因子的迭代Ⅱ：为什么生命大分子都是链式的？
特殊环境因子的迭代Ⅲ：pH、O2、其他离子、光
特殊环境因子对特殊相互作用的影响：从分子间力到共价键再到电子得失的势阱递降
结构换能量循环的主体性辨识问题
第六章 前细胞生命系统Ⅰ：以酶为节点的生命大分子互作的双组分系统
酶促反应自发形成的可能性：组分的通用性与碰撞的随机性
酶作为生命大分子互作节点的基本属性
以酶为节点的整合子Ⅰ：生命大分子互作的双组分系统
以酶为节点的整合子Ⅱ：生命系统运行中的能量关系
先协同后分工
第七章 前细胞生命系统Ⅱ：从随机发生到模板拷贝——多肽序列如何被记录到核酸序列中？
酶如何被有效地复制?互惠式互作、多组分互作、模板高效拷贝？
人类想象力与实证追求的胜利——从概念到分子的遗传因子溯源
中心法则：特殊组分的生产流水线
基因从哪里来？
由中心法则能推理出基因中心论吗
第八章 前细胞生命系统Ⅲ：生命大分子网络的形成与演化
非酶生命大分子如何被赋予功能
A．-L．Barabasi的Linked
生命大分子网络Ⅰ：生命大分子合成与降解网络
生命大分子网络Ⅱ：生命大分子复合体聚合与解体网络
复杂换稳健
第九章 细胞化生命系统Ⅰ：世界上第一个细胞的形成与可迭代整合子的全新形式
什么是细胞？
世界上第一个细胞从哪里来？
生物组分与环境因子——一膜之隔的组分有没有实质性差别？
质膜是生命大分子网络迭代形式中同时具备双重功能的全新构成要素
动态网络的单元化：细胞——被网络组分包被的生命大分子网络
第十章 细胞化生命系统Ⅱ：整合子视角下的细胞行为
细胞生长
细胞分裂
细胞分化
细胞死亡
为什么细胞成为现存生命系统存在的基本单元(LUCA)？
第十一章 细胞化生命系统Ⅲ：真核细胞与有性生殖周期(SRC)
原核细胞与真核细胞——事实与问题
真核细胞内复杂结构的由来：富余生命大分子的自组织
有丝分裂：细胞分裂时保障DNA平均分配的机制
减数分裂：两次独立起源？
真核细胞的集约、两种状态失衡，及其稳健性的超细胞层面调控
真核细胞细胞集合中衍生出的有性生殖周期：新的整合与新的整合子
现象与对现象的描述、解释与演绎：性、代、居群、两个主体性
第十二章 超细胞生命系统Ⅰ：越界的整合
整合子的无形与有形
整合子迭代中的合与分
整合子视角下生命系统的“同”与“异”
整合子迭代的驱动力
整合子迭代过程的单向性
整合子视角下细胞间互作的多样性
整合子视角下多细胞结构起源的可能机制及其优越性
多细胞真核生物作为可迭代整合子的组分与互作形式
第十三章 超细胞生命系统Ⅱ：多细胞结构的实体构建——同样的对象、不同的解读
多细胞结构：描述与解释方式的视角转换
植物
动物
真菌
物种、食物网络、地球生物圈
第十四章 超细胞生命系统Ⅲ：形态
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