本书共分为三篇，围绕代谢途径建模、代谢途径开发、代谢途径设计展开，主要内容涉及如何用工程生物学的思路，在底盘细胞中对代谢途径进行挖掘和设计。附录部分还提供了生物设计工具箱，方便读者使用。与偏重生物化学途径的介绍类书籍不同，本书的工程生物学特色鲜明，较为系统地介绍了数学模型、计算机工具在代谢途径设计中的应用。 本书通俗易懂、简明实用，适合生物工程相关专业的大学生、研究生及科研工作者参考使用。

Ⅰ 代谢途径建模
1 走上工程生物学之路
1.1 用于工业生物制造的合成生物学平台
1.2 设计-构建-测试-学习的自动化循环
1.3 工业生物过程的放大与缩小
1.4 灵活的自动化生物设计、云实验室和人工智能
1.5 生物铸造的代谢途径设计
参考文献
2 基因组规模建模
2.1 系统生物学模型
2.2 从组学到大数据的模型重建
2.3 基于约束方法的模型仿真
2.4 流量分析的高级应用
2.5 问题
参考文献
3 途径建模
3.1 途径稳态和动力学
3.2 质量作用定律
3.3 酶动力学建模
3.4 转录和翻译控制建模
3.5 途径动力学建模
3.6 问题
参考文献
4 化学多样性建模
4.1 理解酶创新的机制
4.2 基于信息编码化学反应
4.3 酶杂泛性建模
4.4 计算化学多样性
4.5 问题
参考文献
Ⅱ 代谢途径开发
5 酶的发现和选择
5.1 通过序列同源性发现酶
5.2 通过反应同源性发现酶
5.3 可扩展的代谢空间中的酶发现
5.4 问题
参考文献
6 途径发现
6.1 定义化学目标
6.2 代谢范围的逆合成分析
6.3 问题
参考文献
7 途径选择
7.1 途径计数
7.2 途径排序
7.3 问题
参考文献
Ⅲ 代谢途径设计
8 途径设计
8.1 选择途径中的功能基因
8.2 转录和翻译调控
8.3 组合设计
8.4 实验设计
8.5 途径标准化
8.6 问题
参考文献
9 途径的再设计
9.1 基于模型的培养基和底盘的再设计
9.2 计算机辅助的酶的再设计
9.3 学习阶段实验的再设计
9.4 基于机器学习的途径的再设计
9.5 问题
参考文献
附录A 生物设计工具箱
索引