本书主要分为三章：第一章主要是病根秘穴埋线针疗的应用，有28个组穴应用。在2020年中国中医药出版社出版的《董立君病根秘穴埋线针疗》第六章中有16个病根秘穴埋线组穴，对16个秘穴组合位置定位、肌肉解剖、操作手法等做了具体介绍。本书中将上次没有写入《董立君病根秘穴埋线针疗》书中的另外12个病根秘穴组穴一并向广大埋线医生介绍，包括“秘三针”“痔三针”“心三针”“脑三针”“鼻三针”“胆三针”“乳腺穴”“调压穴”“降糖穴”“安神穴”“止晕穴”“生殖穴”。其中“秘三针”治疗便秘，“痔三针”治疗痔疮，“心三针”治疗心脏病，“脑三针”治疗脑卒中，“鼻三针”治疗鼻炎、过敏性鼻炎，“胆三针”治疗胆囊炎，“乳腺穴”治疗乳腺疾病，“调压穴”治疗高血压、低血压疾病，“安神穴”治疗失眠证，“止晕穴”治疗眩晕证等。第二章是埋线医生临床经验和典型病案分享，这是此书的重要章节，介绍了30名埋线医生的埋线临床经验和典型病案。这些医生都是董立君早期的埋线学生，也是病根穴埋线针疗法在临床的实践者。具体病案有运用病根埋线治疗卵巢囊肿、早衰证、子宫脱垂的；有运用病根埋线结合针灸治疗帕金森综合征的；有运用病根埋线结合其他疗法治疗乳腺癌、肺癌康复治疗的等。他们的经验实用朴素，病案精彩有特色，对基层医务工作者在临床实践中具有现实指导意义。第三章是对本书埋线医生涉及的病案进行分析与讨论。埋线名家对不同的病案及有关疾病有独到的见解和分析，如运用中医埋线治疗五官科疾病的病案分析讨论；使用病根埋线和科技成果（特效药水）结合治疗带状疱疹、烧伤、烫伤、丹毒等病的分析讨论；病根埋线在神经系统疾病、骨科疾病、呼吸系统和循环系统疾病、妇科疾病等病案的分析与讨论。
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