《阎崇年史学论集》收录作者在清史、北京史、满学研究方面的成果。《清史卷》三册，卷上主要包括作者对于清代几个贯通性问题的综论，涉及满洲勃兴的东北地域文化、清朝对全国的统治、清代的历史大势以及清代的法制问题。此外，还涉及明清易代之际的几个重要战役、满洲对东北地域的征伐以及顺治即位问题的考释。卷中主要围绕两个历史人物展开——努尔哈赤与袁崇焕，这也是作者多年关注的两个人物，由研究这两个人，进而研究明亡清兴的历史。卷下的内容主要以清入关为大的背景，其中主要篇幅是对康熙朝历史的多角度关注，旁及一些历史人物的研究。

上
森林文化之千年变局
清朝历史的文化记忆
清朝鼎新的八次机遇
清代法制绎
论宁远争局
论觉华岛之役
宁锦防线与宁锦大捷
论大凌河之战
辽西争局兵略点评
清太宗经略索伦辨
顺治继位之谜新解
附录 读《中国通史·清时期卷》
中
论努尔哈赤
努尔哈赤建立后金考
努尔哈赤入京进贡考
清太祖汉译名考
论袁崇焕
抗御后金名将袁崇焕
袁崇焕固守宁远之扬搉
论明代保卫北京的民族英雄袁崇焕
平息哗变：袁督师的胆略与智慧
袁崇焕与明金议和
袁崇焕籍贯考
袁崇焕“谋款”辨
袁崇焕“斩帅”辨
袁崇焕“死因”辨
袁崇焕与聚奎塔
于谦与袁崇焕
附录 《袁崇焕资料集录》前言
下
评康熙帝
康熙：千年一帝
康熙皇帝与木兰围场
康熙大帝与避暑山庄
康熙南巡与碧螺春茶
盛清社会与扬州文化
论雅克萨之战
清代名将萨布素
清郑各庄行宫、王府与城池考
雍正理王府址考
明珠论
《明珠及妻觉罗氏诰封碑文》考述
清代史坛大家孙承泽述论
孙承泽生年考
唐英：千年一瓷人
蒋良骐及其《东华录》
附录 20世纪的满族历史研究
后记