从汉代至清代中晚期，包括新疆天山南北在内的广大地区统称为西域。自西汉开始，新疆正式成为中国版图的一部分。清代顺康雍年间，准噶尔部控制新疆。乾隆二十年（1755），清军俘虏准噶尔部首领达瓦齐，统一新疆。乾隆二十三、二十四年（1758、1759），清军先后平定阿睦尔撒纳叛乱及大小和卓叛乱，中国西部国界得以确定。此后，清政府对新疆实行了系统化的治理政策。乾隆二十七年（1762）设立伊犁将军，实行军政合一的军府体制。这使新疆有了60余年统一而安定的局面，社会经济得到快速发展。
然而，清政府未能翦除和卓后裔势力，也未能从根本上变革新疆宗教信仰，新疆“白山派”信众仍严重迷信和卓，并在和卓后裔的蛊惑、煽动下一再发动叛乱。张格尔之乱、玉素普之乱、七和卓之乱、倭里罕之乱等和卓后裔叛乱给新疆造成了巨大伤害。清政府在平定上述叛乱后均进行善后处理，但未能变革军府体制，社会治理仍存在严重弊端。
同治四年（1865），中亚浩罕国军官阿古柏趁新疆内乱而侵入新疆喀什，后又攻占天山以南及乌鲁木齐、吐鲁番等地，残暴统治新疆达12年之久，给新疆各族人民带来沉重灾难。同治十年（1871），俄国悍然出兵侵占新疆伊犁地区。我国西部边疆遭遇严重危机。
光绪四年（1878），左宗棠率军消灭阿古柏政权。四年后（1882），收复被俄国侵占10年之久的伊犁地区。光绪十年（1884），清政府正式在新疆设立行省。这是清政府治理新疆体制的根本性变革，更是我国古代中央政府治理新疆体制的重大创新。新疆建省实现了新疆与内地的一体化发展，伊犁将军权力锐减，伯克制被废除，新疆地方政务由各道、府、厅、州、县办理，赋税制度与内地相同，移民实边政策更加优惠，文化教育在全疆开展。这些举措有力地维护了我国西部边疆安全和领土完整。促进了西部边疆建设，增进了新疆各民族间联系，筑牢了中华民族共同体意识，推动了我国统一多民族国家的深度发展。
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