《四大检察文库：刑事检察捕诉一体运行机制理论与实务研究》的主要框架如下：首章导论，主要介绍捕诉一体改革提出的背景与相关争议，回溯了检察机关自恢复重建到第二次司法改革之间捕诉权力配置的历史沿革，结合有关文本对本次捕诉一体改革的内涵进行了解读，并阐明了该制度的价值预期。第二章捕诉一体的必要性与正当性，分别以司法体制改革、以审判为中心的刑事诉讼制度改革、国家监察体制改革等内容为切入点，综合分析了上述改革与捕诉一体机制之间的内在关联，对捕诉一体机制在合理性、合法性方面进行了论证，同时从诉讼经济的视角，对捕诉一体机制的效用开展了深入的分析。第三章和第四章分别围绕逮捕和公诉两项刑事检察工作的核心权能，对两者的价值功能、基本内容等方面进行了细致的研究，其中第三章逮捕与逮捕权之基本范畴，在剖析逮捕权几项具体权能的基础上，重点对理论界争论较多的批捕权的属性以及批捕权配置的问题，特别是捕诉一体改革对检察机关行使批捕权中立性是否构成影响作出了详细论述，明确了批准逮捕权是具有法律监督性、中立性、独立性、审查性、终局性的检察权；第四章公诉与公诉权之基本范畴，则立足于公诉职能日益丰富完善的现实，着重结合认罪认罚、繁简分流等改革举措对公诉工作的现状和优化路径进行了阐述，强调了公诉权的行使要树立客观公正理念、刑事诉讼主导责任理念、协商合作理念、尊重庭审理念。第五章比较视野中的未决羁押与起诉制度研究，以大陆法系和英美法系若干代表性国家为例，介绍了域外与捕诉权力配置相关的未决羁押、侦查、起诉等相关制度规定，在对上述制度进行正反两个方面评析的基础上，提出了完善我国相关制度的对策，同时也从比较研究的角度对“我国应当由法院行使批捕权”观点进行了再反思。第六章捕诉一体运行机制之实证分析，以市区两级检察机关的捕诉一体实践运作情况为研究蓝本，考察了当前捕诉部门的组织配置、分案规则、办案基本情况等内容，对当前一些比较好的经验做法进行了梳理总结，列举了部分典型案例，同时通过详细的办案数据的列示及分析，结合“案-件比”等指标，对捕诉一体落地前后的办案、监督效果的变化及原因进行了剖析。第七章捕诉一体运行机制之问题与出路，则直面捕诉一体改革后实践中暴露出的少数不当的办案倾向，针对司法公正、办案效率及侦查监督三个方面进行了实证考察，并提出了完善捕诉一体运行机制的若干建议，如优化检察官办案质量评价指标体系和完善司法责任认定与豁免规定，促进“检察+科技”深度融合等。
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