清朝沿袭了明朝的制度，继续设立内阁。内阁大学士是身为文臣的最高荣称，并无实际大权。真正掌握大权的军机处，是处理全国军政要务的中枢机构。雍正七年（1729年），因对西北用兵，需紧急处理的军务太多，所以增设军机处。军机处并非正式设置的机构，而是由兼任的军机大臣承旨办理军政要务，后来权力逐渐扩张，成为受皇帝直接控制的国家最高权力中枢，军机大臣则相当于宰相。
宰相制度在中国古代历史上具有重要地位，在国家行政管理中起到了一定的积极作用。从西汉和唐朝政治来看，宰相制度在国家治理中发挥了较好的作用。西汉是一个比较安定清明的时期，在这期间，除了君主励精图治之外，也离不开诸多宰相的辅佐之功。只有君权与相权在一定“秩序”范围之内保持和谐统一，才能出现安定清明的太平盛世。在西汉和唐朝，正是由于君权与相权相互制约又相互辅助，促进了君主的施政清明，维持了社会的稳定发展。然而，到了明清时期，君权与相权的矛盾不断加深，为了加强君主的统治，宰相制度在明朝时被废除。后来虽设立内阁，但却不是独立的行政机构，内阁大学士多以皇帝顾问的身份出现，并无实权。到了清朝，增设军机处，军机处逐渐取代内阁，成为政务处理中心，这样权柄更加集中于皇帝手中。
中国古代的中央机构体现为省部制度。作为古代中国社会治理国家的重要政治制度，它起源于汉朝，确立于隋朝，成熟于唐朝，直到清朝末期还在沿用。省部制度主要指三省六部制，是古代比较系统和完善的中央政治制度，其中的“三省”是指尚书省、中书省、门下省；“六部”是指吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，隶属于尚书省。尚书省形成于东汉时期，当时称尚书台，其设立的目的是制约宰相的权力，加强君主的统治；中书省和门下省形成于三国时期，其设立的初衷在于对尚书省的权力形成制约。这一政治制度在长期发展演变过程中，组织形式和职权规定有所不同，直到隋朝，才确立为三省六部制，成为中央行政系统，主要职责为制定、审核与执行中央政令和政策。
三省中的尚书省，在东汉时期便大致成形，当时称作尚书台。在西汉初期，朝廷的权力主要由皇帝和以宰相为首的中央行政机构掌握。汉武帝时，为了加强统治，开始将权力由外朝转移到内朝，任用少府尚书来协助自己管理文书奏章。东汉时期，最高统治者为了削减宰相的权力，对原来的三公九卿制度进行变革，三公虽居高位，但实际上掌握的权力已经被大幅削减，朝廷内部事务不再交给他们负责，最高决断权已经转移到皇帝一人手中。同时，尚书由于经常协助皇帝管理文书奏章、参与处理朝廷内部事务，其职权不断扩大，地位日益提高。
隋朝统一全国后，正式建立三省六部制。三省六部制作为中央行政机构开始运行。三省并立，成为中央最高政府机构，共同负责处理中枢政务。三省之间分工协作，相互制衡，共同向皇帝负责，从而有利于皇帝的集中统治。
唐朝在沿袭隋朝三省六部制的基础上对其进行了完善，其职责有了更加具体的划分。唐朝继续设立尚书省、中书省、门下省为三省；设置吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部为六部。唐朝的中书省相较于隋朝来说，职责更加明确，权力也相对集中。中书省负责起草中央政策、文书，草拟批阅各级官府呈报的奏折，还参与朝廷举办的各种重要活动。门下省具有审核文书、参与最高事务管理、纠正朝政过失的重要职责，对于中书省草拟的诏令行使复审权，如果认为有不合适或者不便推行的内容，有权力封还和驳正，要求中书省重新拟定。尚书省作为中央最高的行政事务管理机构，同中书省、门下省一样可以参与国家大事，并且主要负责中央政令的下达、贯彻和执行。
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