全书共三编，上编集中讨论晚明佛教与其时宫廷政治的关系，通过聚焦慈圣李太后奉佛及礼事高僧、崇祯帝在本土释道与外来天主教之间的选择、憨山德清乙未之狱、紫柏真可“妖书案”等事件，在重新厘清各自原委、经过，并试图揭示更为隐秘的动机的同时，抉发隐伏在信仰生活背后与晚明党争密切相关的诸多政治、宗教势力较量的暗脉。中编围绕“方册藏”的刊刻事业，展示高僧与奉佛士大夫之间的互动，尤以密藏道开与冯梦祯两位重要助力者为例，呈现僧界与精英士大夫错综复杂的关系，究明世俗社会中政治、经济等多重因素在刻经事业中的作用，以及此一事件对后世造成的长远影响。下编则是探讨晚明佛教的多种成色及其表现：如士大夫居士身上体现的本土宗教对佛教信仰的影响，文学艺术与佛教的联系，藏传佛教对汉地的影响及其本土化吸收等，仍是以不同的个案，展示这个时代信仰生活的多元特征。

序
绪论
上编 政教之间：晚明佛教与宫廷上层
第一章 女主、清流与佛教——晚明佛教复兴的锁钥
第一节 太后与信仰
第二节 禁宫中的法友
第三节 图像中的忠勇与慈悲
第四节 余论：东亚视角下的女主崇佛
第二章 显灵的“九莲菩萨”与崇祯帝
第一节 内宫中的天教与信徒
第二节 回归：“九莲菩萨”显灵
第三节 纠结：徘徊于菩萨与耶稣之间
第四节 余论：明清之际的信仰取舍
第三章 复兴中的挫折
第一节 憨山德清与“乙未之狱”
第二节 “寺产案”与“三太子”
第三节 僧案真相
第四节 弘法的“动”“静”之间
第四章 紫柏大师的晚节与法难
第一节 紫柏的晚年弘法
第二节 沈一贯与“二大教主”
第三节 京师攻禅余论
第五章 方外清流传统的延续
第一节 苍雪大师与前辈万历间进士
第二节 钱谦益的法友
第三节 与清流后进们的互动
第四节 由清流入方外
第五节 僧中清流的血胤
中编 僧俗互动：万历间《方册藏》刊刻的展开
第一章 《方册藏》初期经场成立：从日记与尺牍的对读中展开
第一节 缘起嘉兴楞严寺
第二节 刻经场的候选：“卜吉四山”
第三节 径山与五台山
第四节 作为方法的日记与尺牍对读
第二章 远望五台山：士大夫的视角
第一节 日记的起点：万历十五年（1587）
第二节 徘徊南北：万历十六年、十七年（1588—1589）
第三节 五台山的烦恼：万历十八年、十九年（1590—1591）
第四节 冯梦祯与径山
第三章 “龙子”与“舍利”：万历二十年紫柏真可的努力和局限
第一节 “取经”故事及其明代书写
第二节 冥护为何：“龙子”与《嘉兴藏》刊刻
第三节 “玉带镇山门”：去职的陆光祖
第四节 潭柘寺到石经山：最后的努力
第五节 结语：从“龙子”到“舍利”的努力
下编 多元信仰与晚明时代
第一章 “四高僧”与佛教史建构：从“晚明四高僧”叙述展开
第一节 由一生二：高僧到高僧群体
第二节 憨山的“升格”
第三节 蕅益大师出现
第四节 余论：智旭入列“四大师”的佛教史意义
第二章 士大夫信仰中的宗教与国家
第一节 冯梦祯及其“外道”生活
第二节 神异与应验
第三节 内外丹道
第四节 小结：并存的信仰轨迹
第三章 边疆与江南：《华严忏仪》的刊刻因缘
第一节 木增家族之见于汉、藏文献
第二节 《华严忏仪》东来与徐霞客
第三节 苍雪参与忏仪因缘
第四节 结语：“汉藏佛教”的成立
第四章 近世佛教源流中的汉藏佛教
第一节 近世佛教的源与流
第二节 明代以降的汉藏佛教
第三节 小说中的佛教史
第四节 结语：又一位“不在场的在场者”
附录：晚明唯识学复兴的历史与价值——书《近世东亚〈观所缘缘论〉珍稀注释选辑》后
参考文献
后记