本书内容以中华预防医学会团体标准《病原微生物菌（毒）种保藏数据描述通则》（T/CPMA 011-2020）为依据，包括细菌、病毒、真菌三大类，细菌目录内容包含了细菌的国家科技资源标识符，平台资源号，保藏编号，中文名称，外文名称，分类学地位，生物危害程度分类，分离时间，分离地址，分离基物，致病名称等；病毒目录包含了病毒的细菌的国家科技资源标识符，平台资源号，保藏编号，中文名称，英文或拉丁文名称，生物危害程度分类，保藏编号，分类学地位，自然宿主以及联系方式等内容；真菌目录内容包含了真菌的中文名称，英文或拉丁文名称，生物危害程度分类，保藏编号，来源历史，分离基物，分离时间，分离地点，致病对象等内容。2021年版中新增细菌、真菌、病毒的来源历史、用途、联系单位及电子邮箱相关信息。

第一部分 细菌
一、埃希菌属
二、巴斯德菌属
三、棒状杆菌属
四、变形杆菌属
五、伯克霍尔徳菌属
六、博德特菌属
七、不动杆菌属
八、莫拉菌属
九、产碱杆菌属
十、肠杆菌属
十一、肠球菌属
十二、丛毛单胞菌属
十三、代尔夫特菌属
十四、短波单胞菌属
十五、发光杆菌属
十六、泛菌属
十七、分枝杆菌属
十八、副球菌属
十九、戈登菌属
二十、孤岛杆菌属
二十一、果胶杆菌属
二十二、海杆菌属
二十三、赫夫勒菌属
二十四、弧菌属
二十五、黄杆菌属
二十六、吉莱菌属
二十七、假单胞菌属
二十八、假黄单胞菌属
二十九、金黄杆菌属
三十、金色单胞菌属
三十一、卡斯特兰尼菌属
三十二、考克菌属
三十三、克雷伯菌属
三十四、克罗诺杆菌属
三十五、克吕沃尔菌属
三十六、拉布伦茨菌属
三十七、赖氨酸芽孢杆菌属
三十八、类芽孢杆菌属
三十九、李斯特菌属
四十、链球菌属
四十一、罗氏菌属
四十二、洛克菌属
四十三、摩根菌属
四十四、奈瑟菌属
四十五、柠檬酸杆菌属
四十六、诺卡菌属
四十七、片球菌属
四十八、葡萄球菌属
四十九、普罗威登斯菌属
五十、气单胞菌属
五十一、气球菌属
五十二、鞘氨醇单胞菌属
五十三、鞘氨醇杆菌属
五十四、氢噬胞菌属
五十五、溶杆菌属
五十六、沙雷菌属
五十七、沙门菌属
五十八、施万菌属
五十九、食酸菌属
六十、嗜血杆菌属
六十一、梭菌属
六十二、土芽孢杆菌属
六十三、脱硫弧菌属
六十四、微杆菌属
六十五、微小杆菌属
六十六、无色杆菌属
六十七、西地西菌属
六十八、香味菌属
六十九、芽孢杆菌属
七十、伊金氏菌属
七十一、赛养单胞菌属
七十二、志贺菌属
第二部分 真菌
一、白念珠菌耐药株
二、白念珠菌
三、库德里阿兹威（氏）毕赤酵母（克柔念珠菌）
四、耳念珠菌
五、似平滑念珠菌
六、拟平滑念珠菌
七、新生隐球菌grubii变种
八、新生隐球菌
九、格特隐球菌
十、新生隐球菌新生变种
十一、热带念珠菌
十二、八胞裂殖酵母
十三、赭色掷胞酵母
十四、合轴马拉色菌
十五、红色毛癣菌
十六、印度毛癣菌
十七、烟曲霉
十八、黄曲霉
十九、土曲霉
二十、茄病镰刀菌
二十一、白地霉
二十二、莫诺法着色真菌
二十三、不规则毛霉
二十四、总状共头霉
二十五、米根霉
二十六、光状瓶得
二十七、皮炎外瓶霉
二十八、卡氏枝孢瓶得
二十九、斑替枝孢瓶得
三十、甄氏外瓶得
三十一、立康孔外瓶覆（蜡蚧外瓶滁）
三十二、尖端赛多孢
三十三、多育赛多抱
三十四、波氏假性阿利什得
三十五、棘状外瓶将
三十六、烂木瓶符
三十七、葡萄孢佛隆那霉
三十八、霍夫曼烧瓶状赛
三十九、穗状离蠕孢
四十、夏胡许赭霉
四十一、喀什可乐棒孢
四十二、膝状弯孢
四十三、喙明脐菌
四十四、暗绿色喙枝孢
第三部分 病毒
一、腺病毒
二、疱疹病毒
三、风疹病毒
四、登革病毒
五、寨卡病毒
六、仙台病毒
七、呼吸道合胞病毒
八、流感病毒
九、水泡口炎病毒
十、麻疹病毒
十一、副流感病毒
十二、冠状病毒
十三、柯萨奇病毒
十四、肠道病毒
十五、埃可病毒
十六、鼻病毒