虾夷扇贝是我国北方最重要的养殖贝类之一，具有重要的经济地位。虾夷扇贝贝壳颜色呈现简单而明显的多态性，是壳色形成机制研究的理想材料。本书以虾夷扇贝为主要研究材料，利用组织学、分子生物学、生物信息学、转录组学、蛋白质组学及表观遗传学等研究方法，开展了虾夷扇贝壳色形成机制的初步研究。分析了壳色主要形成组织外套膜不同区域的组织结构特点，从不同组学层面筛选获得了大量壳色形成相关基因、蛋白及分子通路，探讨了全基因组DNA甲基化在虾夷扇贝壳色形成中的调控功能，并对部分壳色形成的重要基因从全基因组层面进行了序列和功能的解析，以期为虾夷扇贝壳色形成分子机制的研究提供更多的依据，并为虾夷扇贝壳色遗传育种工作奠定理论基础。

前言
第一章 贝类壳色研究进展
一、贝类壳色的多态性及重要功能
（一）贝类壳色的多态性
（二）贝类壳色的重要功能
二、贝类壳色产生的原因
（一）环境对贝类壳色的影响
（二）贝类壳色的化学本质
（三）结构致色
三、贝类壳色的遗传
四、贝类壳色形成的分子机制
（一）基因组层面——壳色相关分子标记的开发
（二）贝类壳色形成的转录组水平研究
（三）贝类壳色形成的蛋白质组水平的研究
（四）其他组学层面的研究
（五）壳色形成相关分子通路
五、贝类壳色在遗传育种中的应用
（一）贝类壳色与生长发育的关系
（二）贝类壳色与营养成分的关系
（三）以壳色为目标性状的贝类新品种选育
第二章 虾夷扇贝生物学及遗传育种
一、虾夷扇贝生物学
二、虾夷扇贝养殖概况
（一）虾夷扇贝在日本的养殖现状
（二）虾夷扇贝在中国的养殖现状
（三）虾夷扇贝养殖中存在的问题
三、虾夷扇贝遗传育种进展
（一）群体遗传学
（二）选择育种
四、虾夷扇贝壳色多态性及新品种选育
第三章 虾夷扇贝壳色形成组织外套膜的组织学研究
一、贝类的外套膜组织
二、虾夷扇贝外套膜不同区域的组织学研究
（一）虾夷扇贝边缘膜的组织结构特点
（二）虾夷扇贝中央膜的组织结构特点
三、不同壳色虾夷扇贝外套膜组织学比较
第四章 虾夷扇贝壳色形成组织外套膜的转录组学研究
一、转录组测序技术
二、虾夷扇贝外套膜不同区域的转录组学研究
（一）虾夷扇贝外套膜转录组测序及拼接
（二）虾夷扇贝外套膜转录组功能注释
（三）虾夷扇贝外套膜不同区域的基因差异表达分析
三、虾夷扇贝外套膜不同区域的转录组学研究
第五章 不同壳色虾夷扇贝的蛋白质组学研究
一、蛋白质组学技术
二、不同壳色虾夷扇贝外套膜蛋白质组学分析
（一）不同壳色虾夷扇贝外套膜的蛋白质组测定
（二）不同壳色虾夷扇贝外套膜的差异蛋白表达分析
第六章 不同壳色虾夷扇贝的表观遗传学研究
一、DNA甲基化概述
二、不同壳色虾夷扇贝全基因组DNA甲基化分析
（一）不同壳色虾夷扇贝外套膜WGBS测序
（二）不同壳色虾夷扇贝外套膜全基因组甲基化图谱的绘制
（三）两种壳色虾夷扇贝甲基化胞嘧啶附近的序列特征分析
（四）两种壳色虾夷扇贝基因组不同区域的甲基化模式分析
（五）两种壳色虾夷扇贝差异甲基化区域分析
第七章 虾夷扇贝壳色形成相关基因的序列及功能研究
一、黑色素形成通路相关基因
（一）虾夷扇贝Tyr基因家族
（二）虾夷扇贝MITF基因
二、血红素合成通路基因
第八章 研究展望
参考文献