蓝藻门 Cyanophyta
一、蓝藻纲 Cyanophyceae
（一）聚球藻目Synechococcales
1.平裂藻科 Merismopediaceae
（1）平裂藻属 Merismopedia Meyen
2.假鱼腥藻科 Pseudanabaenaceae
（2）假鱼腥藻属 Pseudanabaena Lauterborn
（3）泽丝藻属 Limnothrix Meffert
（二）螺旋藻目 Spirulinales
3.螺旋藻科 Spirulinaceae
（4）螺旋藻属 Spirulina Turpin ex Gomont
（三）色球藻目 Chroococcales
4.色球藻科 Chroococcaceae
（5）色球藻属 Chroococcus Nageli
5.微囊藻科 Microcystaceae
（6）微囊藻属 Microcystis Kutzing
6.异球藻科 Xenococcaceae
（7）拟甲色球藻属 Chroococcidiopsis Geitler
（四）颤藻目 Oscillatoriales
7.颤藻科 Oscillatoriaceae
（8）颤藻属 Oscillatoria Vaucher ex Gomont
（9）浮丝藻属 Planktothrix Anagnostidis & Komárek
（五）念珠藻目 Nostocales
8.束丝藻科 Aphanizomenonaceae
（10） 束丝藻属 Aphanizomenon Morren ex Bornet & Flahault 1886 ‘1888
9.念珠藻科 Nostocaceae
（11） 长孢藻属 Dolichospermum (Ralfs ex Bornet & Flahault) Wacklin et al
硅藻门 Bacillariophyta
二、中心纲 Centricae
（六）圆筛藻目 Coscinodiscales
10.圆筛藻科 Coscinodiscaceae
（12）小环藻属 Cyclotella (Kutzing) Brebisson
（13）碟星藻属 Discostella Houk & Klee
（14）琳达藻属 Lindavia (Schutt) de Toni & Forti
（七）直链藻目 Melosirales
11.直链藻科 Melosiraceae
（15）直链藻属 Melosira Agardh
12.沟链藻科 Aulacoseiraceae
（16）沟链藻属 Aulacoseira Thwaites
（八）根管藻目 Rhizosoleniales
13.刺角藻科 Acanthocerataceae
（17）刺角藻属 Acanthoceras Honigmann
三、羽纹纲 Pennatae
（九）无壳缝目 Araphidiales
14.脆杆藻科 Fragilariaceae
（18）等片藻属 Diatoma Bory de Saint-Vincent
（19）脆杆藻属 Fragilaria Lyngbye
（20）假十字脆杆藻属 Pseudostaurosira Williams & Round
（21）肘形藻属 Ulnaria (Kutzing) Compere
（十）双壳缝目 Biraphidinales
15.舟形藻科 Naviculaceae
（22）细小藻属 Adlafia Moser
（23）短纹藻属 Brachysira Kutzing
（24）舟形藻属 Navicula Bory de Saint-Vincent
（25）格形藻属 Craticula Grunow
（26）布纹藻属 Gyrosigma Hassall
（27）双肋藻属 Amphipleura Kutzing
（28）美壁藻属 Caloneis Cleve
（29）双壁藻属 Diploneis (Ehrenberg) Cleve
（30）鞍型藻属 Sellaphora Mereschkowsky
16.桥弯藻科 Cymbellaceae
（31）双眉藻属 Amphora Ehrenberg & Kutzing
（32）桥弯藻属 Cymbella Agardh
（33）内丝藻属 Encyonema Kutzing
（34）拟内丝藻属 Encyonopsis Krammer
（35）弯肋藻属 Cymbopleura (Krammer) Krammer
（36）优美藻属 Delicata Krammer
17.异极藻科 Gomphonemaceae
（37）异极藻属 Gomphonema Ehrenberg
（38）中华异极藻属 Gomphosinica Kociolek, You & Wang
（十一）单壳缝目 Monoraphidinales
18.曲丝藻科 Achnanthidiaceae
（39）曲丝藻属 Achnanthidium Kutzing
（40）卡氏藻属 Karayevia Round & Bukhtiyarova
19.卵形藻科 Cocconeidaceae
（41）卵形藻属 Cocconeis Ehrenberg
（十二）管壳缝目 Aulonoraphidinales
20.窗纹藻科 Epithemiaceae
（42）窗纹藻属 Epithemia Kutzing
21.菱形藻科 Nitzschiaceae
（43）菱形藻属 Nitzschia Hassall
（44）格鲁诺藻属 Grunowia Rabenhorst
（45）细齿藻属 Denticula Kutzing
22.双菱藻科 Surirellaceae
（46）波缘藻属 Cymatopleura Smith
（47）双菱藻属 Surirella Turpin
隐藻门 Cryptophyta
四、隐藻纲 Cryptophyceae
（十三）隐藻目 Cryptomonadales
23.隐鞭藻科 Cryptomonadaceae
（48）隐藻属 Cryptomonas Ehrenberg
（49） 斜结隐藻属 Plagioselmis Butcher ex Novarino, Lucas & Morrall
金藻门 Chrysophyta
五、金藻纲 Chrysophyceae
（十四）色金藻目 Chromulinales
24.锥囊藻科 Dinobryonaceae
（50）锥囊藻属 Dinobryon Ehrenberg
甲藻门 Dinophyta
六、甲藻纲 Dinophyceae
（十五）多甲藻目 Peridiniales
25.角甲藻科 Ceratiaceae
（51）角甲藻属
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