以西学、东学、中学为支点，打破分科治学的局限，不以变化为进化，不以现在为现代，从多学科的角度，用不分科的观念方法，全面探究近代以来中国的概念、思想、学科、制度转型的全过程和各层面，沟通古今中外，解析西学与东学对于认识中国历史文化的格义附会，重建中国自己的话语系统和条理脉络，深入认识中华民族新的智能生成运作机制形成的进程、状态和局限，认识世界一体化进程中东亚文明的别样性及其对人类发展提供多样选择的价值，争取和保持对于世界文明发展日显重要的中国历史文化解释的主动和主导地位。 今天以前的一切都是历史，因而历史本不分科，况且中国治学讲究贯通，素来不重分科。可是今日的史学，无非分科的学史和分科的历史两种，前者为用各个学科现在的形态追述出来的学科发展史，后者为用不同学科的方法眼界研治的一般或分门别类的历史。其共同性则是以后出外来的观念系统重新组装历史。

总说
第一节 问题的提出
第二节 观念与取向
第三节 做法与释疑
分说：分科的学史与分科的历史
第一章 近代中国“文学”源流(1819-1876)
第一节 西人来华与“文学”变义
第二节 中外见闻中的“文学”
第三节 “采西学”议论中的“文学”
结语
第二章 清季学制改革与经学
第一节 经学进入学堂
第二节 经学进入学制的考量
第三节 学制颁布与经学分科
第四节 对于“经学分科”的反应与评议
结语
第三章 中国考古学的形成
第一节 中国上古史的真相
第二节 信史与“文”“物”
第三节 考古学的专门化
第四章 “中国哲学”探源
第一节 “东洋哲学”与“支那哲学”
第二节 泰西哲学与中国固有学问
第三节 “中国哲学”的取向
结语
第五章 中国现代政治学的建立：北京大学政治学科的早期
历史
第一节 议设京师大学堂：立学宗旨与教学分科
第二节 法政科大学的规划及设立
第三节 法科改革及其学术化转向
第四节 现代政治学科的建立
结语
第六章 中国地学会与科学地理的构建(1909-1911)
第一节 兴调查植根基
第二节 引入东西详学理
第三节 洋为中用
第四节 以西学地理系统条理中学
结语
第七章 中国“文化学”的学科构建
第一节 文化、文明与文化史、文明史
第二节 启动与倡导：进入学人视野的新领域
第三节 文化论战对“文化学”的激励
第四节 建构学科：课程、理论体系与学术共同体
结语从文化自觉到知识“自觉”
第八章 近代学术的转承与分合：中山大学人文学科的设置及取向
(1926-1949）
第一节 从国学到史学
第二节 经史致用
第三节 从民俗学到人类学
结语
征引文献
人名索引