淡水红藻在漫长的历史进化中，与生存环境相互作用，一部分遗传信息的改变经过自然选择被固定下来，发生基因的适应性进化。对具有重要功能蛋白质的编码基因进行适应性进化分析，能够揭示基因的变异和蛋白结构与功能的改变与淡水红藻进化史的关系。本书选择了1，5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶大亚基编码基因rbcL、光系统Ⅰ反应中心（RC）跨膜复合物的中心蛋白A编码基因psaA、光系统ⅡD1蛋白编码基因psbA3个重要的功能基因，通过度量核苷酸序列的非同义替换率（dN）和同义替换率（dS）的比值（@）来判断自然选择对氨基酸位点的选择压力，以此判断淡水红藻主要谱系的基因适应性进化历程。

第1章 淡水红藻概述
1.1 淡水红藻简介
1.1.1 淡水红藻的重要性
1.1.2 淡水红藻研究现状
1.2 淡水红藻代表类群概述
1.2.1 串珠藻目植物
1.2.2 弯枝藻属植物
1.2.3 胭脂藻属植物
1.2.4 温泉红藻属植物
1.3 适应性进化及共进化研究
1.3.1 适应性进化研究基因标记
1.3.2 适应性进化研究
1.3.3 共进化分析
参考文献
第2章 串珠藻目植物的适应性进化及共进化分析
2.1 串珠藻目植物系统发育树构建
2.1.1 串珠藻目植物基于rbcL序列的系统发育树构建
2.1.2 串珠藻目植物基于psaA序列的系统发育树构建
2.1.3 串珠藻目植物基于psbA序列的系统发育树构建
2.2 串珠藻目植物适应性进化分析
2.2.1 串珠藻目植物基于rbcL序列的适应性进化分析
2.2.2 串珠藻目植物基于psaA序列的适应性进化分析
2.2.3 串珠藻目植物基于psbA序列的适应性进化分析
2.3 正选择位点定位
2.3.1 rbcL基因正选择位点定位
2.3.2 psaA基因正选择位点定位
2.3.3 psbA基因正选择位点定位
2.4 串珠藻目植物共进化分析
2.4.1 rbcL基因共进化分析
2.4.2 psaA基因共进化分析
2.4.3 psbA基因共进化分析
参考文献
第3章 弯枝藻目植物的适应性进化及共进化分析
3.1 弯枝藻目植物系统发育树构建
3.2 弯枝藻目植物基于基因序列的生物信息学分析
3.3 弯枝藻目植物适应性进化分析
3.4 弯枝藻目植物共进化分析
参考文献
第4章 胭脂藻属植物的适应性进化及共进化分析
4.1 胭脂藻属植物系统发育树构建
4.2 胭脂藻属植物基于基因序列的生物信息学分析
4.3 胭脂藻属植物适应性进化分析
4.4 胭脂藻属植物共进化分析
参考文献
第5章 温泉红藻的适应性进化及共进化分析
5.1 温泉红藻植物系统发育树构建
5.2 温泉红藻植物基于基因序列的生物信息学分析
5.3 温泉红藻植物适应性进化分析
5.4 温泉红藻植物共进化分析
参考文献
图版