传统的观念认为中国传统文化是儒家思想，儒家思想是中国传统哲学史当然的核心和逻辑主线，作为儒家思想的创始人和代表人物的孔子是中国传统哲学史中最核心的人物，是中国文化的基石，是中国传统文明的奠基人。这个观点似乎是关于中国文化和中国传统哲学史的常识性结论。而本书则持否定的意见，认为中国传统哲学的奠基人是董仲舒，董学才是中国传统文明的真正基石，董仲舒与汉武帝根据董学创立了新的国家意识形态，并且在此基础之上构建了“公羊模式”，革命性地改变了中国历史的进程，也使中国文明发生了质变，也就是说，董仲舒才是中国传统文明的奠基人，董学才是中国哲学和中国传统文明的主体和主旋律。
本书的主题是对董学，即董仲舒的哲学体系，和孔学，即孔子的思想，进行唯实比较，本书以两者的观念事实为基础，辨明两者是本质上完全不同的哲学思想。通过董学和孔学的唯实比较，目的是要对中国哲学史找到研究的方法论，进行拨乱反正和正本清源的工作，为重新阐明中国传统哲学史的核心、主体和逻辑主线，为构建符合观念事实和历史事实的中国哲学史打下基础。
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