第1章 绪论
1.1 植物花色与花青苷
1.1.1 植物花色的形成机理
1.1.2 花青苷的结构与种类
1.1.3 花青苷的理化性质
1.1.4 花青苷的生理和生物功能
1.2 花青苷的生物合成及基因调控
1.2.1 花青苷的生物合成途径
1.2.2 花青苷合成的关键结构基因
1.2.3 调控花青苷合成的相关转录因子
1.2.4 与花青苷合成调控相关的miRNA
1.3 RNA-seq技术
1.4 植物复色花显色机理的研究进展
1.5 牡丹花色形成及差异机理的研究进展
第2章 牡丹复色花瓣显色生理机理研究
2.1 牡丹复色花瓣的花色指数
2.1.1 花色指数的测试方法
2.1.2 花色指数的测定分析
2.2 牡丹复色花瓣中的可溶性糖含量
2.2.1 可溶性糖含量的测试方法
2.2.2 可溶性糖含量的测定分析
2.3 牡丹复色花瓣中的液泡pH值
2.3.1 液泡pH值的测试方法
2.3.2 液泡pH值的测定分析
2.4 牡丹复色花瓣中的金属元素含量
2.4.1 金属元素含量的测试方法
2.4.2 金属元素含量的测定分析
2.5 牡丹复色花瓣中的花青苷组成和含量
2.5.1 花青苷组成和含量的测试方法
2.5.2 花青苷组成和含量的测定分析
2.6 牡丹复色花瓣中的黄酮、黄酮醇组成和含量
2.6.1 黄酮、黄酮醇组成和含量的测试方法
2.6.2 黄酮、黄酮醇组成和含量的测定分析
2.7 牡丹复色花瓣的上表皮细胞形状
2.7.1 上表皮细胞形状的测试方法
2.7.2 上表皮细胞形状的观察分析
2.8 牡丹复色花瓣的花色与主要生理指标的相关性分析
第3章 牡丹复色花瓣显色分子机理研究
3.1 牡丹复色花瓣的转录组测序（mRNA-seq）
3.1.1 转录组测序所用总RNA的提取
3.1.2 转录组测序与De novo组装
3.1.3 unigene的功能注释与分类
3.1.4 差异表达基因的分析
3.1.5 牡丹花瓣复色形成相关基因的荧光定量PCR（qRT-PCR）验证
3.2 牡丹复色花瓣显色相关关键结构基因PsDFR的克隆及序列分析
3.2.1 牡丹复色花瓣中PsDFR基因cDNA全长的克隆
3.2.2 牡丹复色花瓣中PsDFR基因组DNA全长的克隆
3.2.3 牡丹复色花瓣中PsDFR启动子区域的克隆
3.2.4 牡丹复色花瓣中PsDFR启动子区域甲基化水平的测定
3.3 牡丹复色花瓣的小RNA测序（sRNA-seq）
3.3.1 小RNA测序所用总RNA的提取
3.3.2 小RNA文库构建和测序
3.3.3 牡丹复色花瓣中miRNA的鉴定及靶基因的预测
3.3.4 miRNA的差异表达分析
3.3.5 差异表达miRNA靶基因的功能富集
3.3.6 牡丹花瓣复色形成相关的差异表达miRNA
3.3.7 牡丹复色花瓣小RNA测序结果的荧光定量PCR（qRT-PCR）验证
3.4 牡丹花瓣复色形成相关的关键转录因子的筛选
3.4.1 MYB家族相关转录因子的筛选
3.4.2 bHLH家族相关转录因子的筛选
3.4.3 WD40和SPL家族相关转录因子的筛选
3.5 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L基因的克隆及功能验证
3.5.1 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L基因全长的克隆
3.5.2 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L蛋白的生物信息学分析
3.5.3 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L基因的时空表达模式分析
3.5.4 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L蛋白的亚细胞定位
3.5.5 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L基因在拟南芥中的功能验证
3.5.6 牡丹PsMYB114L和PsMYB12L基因在苹果愈伤组织中的功能验证
3.6 牡丹PsMYB114L、PsMYB12L对PsDFR基因启动子结合和转录活性的验证
3.6.1 牡丹PsMYB114L、PsMYB12L与PsDFR启动子结合的酵母单杂交验证
3.6.2 牡丹PsMYB114L、PsMYB12L对PsDFR启动子激活的双荧光素酶报告验证
第4章 牡丹复色花瓣显色机理初步解析
4.1 牡丹复色花瓣显色相关的关键生理原因
4.2 牡丹花瓣复色形成相关的关键基因的初步确定
4.2.1 基于转录组测序筛选与牡丹花瓣复色形成相关的差异表达基因
4.2.2 牡丹花瓣复色形成相关的关键结构基因的初步确定
4.2.3 牡丹复色花瓣中关键结构基因PsDFR的克隆和序列比对
4.2.4 基于小RNA测序筛选与牡丹花瓣复色形成相关的差异表达miRNA
4.2.5 牡丹花瓣复色形成相关的关键转录因子的初步确定
4.3 牡丹花瓣复色形成相关的关键基因的功能研究
4.3.1 牡丹关键转录因子PsMYB114L和PsMYB12L的克隆及过表达
4.3.2 牡丹PsMYB114L、PsMYB12L对PsDFR基因调控的验证
附录 本研究相关基因的引物序列
参考文献
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