长篇小说《金阁寺》取材于1950年鹿苑寺（即金阁寺）僧徒林养贤放火烧掉金阁寺的真实事件，后据林养贤说他的犯罪动机是对金阁寺的美的嫉妒。这件事当时轰动整个日本，《朝日新闻》用几乎整版的版面进行了报道，关于林养贤的犯罪动机，各界议论纷纷，许多作家也开始尝试剖析林承贤火烧金阁背后复杂的心理原因。
《金阁寺》采用第一人称写就，全书围绕着青年沟口对金阁的情感变化展开。沟口从小身体孱弱，患有口吃，受尽同学和心爱女子的嘲笑。十几岁时父亲离世，被托付到金阁寺成为住持的弟子。在与金阁的朝夕相处中，无数次幻想着被视为世间至美之物的金阁。后来金阁在沟口脑中幻化为我和真实世界的阻碍，尤其在他想做出格事情时，总会看到金阁显形而行动未遂。在学校结识了结交了好色成性、脚有残疾的柏木。后来遭遇好友鹤川的死亡、住持的不雅风波，他终于在一个雨夜将金阁付之一炬……
三岛由纪夫在《金阁寺》中描述对传统、对美的既爱又憎的微妙心态，在他看来，常见的真善美模式是难以状貌的。他一向追求倒错美学，将金阁寺僧徒的思想和行为作了艺术上的提炼与升华，并在美与丑、爱与憎的紧张对立中创造“死与颓废”的美，构筑初三岛自己独特的美学世界。三岛写《金阁寺》，是以金阁与人生相比喻，写美与人生、艺术与人生的悲剧性的关系，具有隽永的艺术内涵和哲理意味。
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