《医学源流论》所论内容广泛，个人观点鲜明，医论多不过干言，但阐述透彻，富含哲理，耐人寻味。充分体现了徐氏尊从辨证论治的学术思想，及其博学识广与丰厚的临证积累。其中某些篇章，如“用药如用兵论”论说格外精彩，广为流传，被后世视为论药佳作。《医学源流论》是一部流传甚广且颇有影响的医论著作，对当今中医临床有较大的参考价值。

　　治病不必分经络脏腑论  病之分经络脏腑，夫人知之。于是天下遂有因经络脏腑之说，而拘泥附会，又或误认穿凿，并有借此神其说以欺人者。盖治病之法多端，有必求经络脏腑者，有不必求经络脏腑者。盖人之气血，无所不通，而药性之寒热温凉，有毒无毒，其性亦一定不移，人于人身，其功能亦无所不到。岂有某药止人某经之理?即如参芪之类，无所不补，砒鸩之类，无所不毒，并不专于一处也。所以古人有现成通治之方，如紫金锭、至宝丹之类，所治之病甚多，皆有奇效。盖通气者，无气不通。解毒者，无毒不解。消痰者，无痰不消。其中不过略有专宜耳。至

卷上
元气存亡论
躯壳经络脏腑论
表里上下论
阴阳升降论
治病必分经络脏腑论
治病不必分经络脏腑论
肾藏精论
一脏一腑先绝论
君火相火论
诊脉决死生论
脉症轻重论
脉症与病相反论
中风论
臌膈论
寒热虚实真假论
内伤外感论
病情传变论
病同人异论
病症不同论
病同因别论
亡阴亡阳论
病有不愈不死虽愈必死论
卒死论
病有鬼神论
肾虚非阴症论
吐血不死咳嗽必死论
胎产论
病有不必服药论
方药离合论
古方加减论
方剂古今论
单方论
禁方论
古今方剂大小论
药误不即死论
药石性同用异论
劫剂论
制药论
人参论
用