本课题围绕研究目标详细阐明了以下问题：首先，生态补偿研究现状的总结。一是对生态补偿范畴进行了考察，梳理了理论界对生态补偿内涵、类型与机制的研究成果。二是对国内外生态补偿的理论研究和实践状况进行了系统考察和理论总结。第二，流域生态补偿模式研究。在流域生态补偿模式研究现状综述的基础上，考察了美国、欧盟、加拿大等16种国外流域生态补偿实践模式，考察了水源地的跨区生态补偿、绍兴—慈溪水权交易等五种国内流域生态补偿实践模式。在此基础上构建了四种生态补偿实践模式。第三，生态补偿理论依据探析，从自然资源、经济学、社会学三个视角对生态补偿的理论依据进行分析，提出了生态补偿的生物共生性原理、劳动价值论等五大理论依据。第四，生态保护运行成本核算研究。以汉江水源地为例对生态保护运行成本进行了实证核算。第五，生态补偿资金分配模型构建。构建了生态补偿资金分配的一、二、三、四级分配模型，并以汉江流域为例设计了生态补偿资金分配方案。第六，生态补偿资金运行机制研究。探讨了生态补偿资金运行的制度机制、管理机制、监督机制和评估机制。第七，生态补偿资金的效益评估。