要说日方对此事件一无所知也说不过去。因为早在一年前，长崎的荷兰商人便已将美国舰队即将到来的口信告知了幕府，并劝其马上缔结日荷通商条约作为对策。但幕府对此半信半疑，认为这不过是“例行恫吓”，直到这次“黑船”真的来临，他们才算是如梦初醒。
经过一夜的喧嚣，浦贺奉行所（当地市政机关）的官员们派出一群巡查小舟将巨大“黑船”团团围住。但“黑船”根本不把这些小船放在眼里，他们不顾拦阻，直闯幕府划定的“进入即开炮”的禁区线。
打又打不过、拦又拦不住的无奈之下，奉行所的翻译慌忙中用不生不熟的英语喊了一嗓子：“我会说荷兰话！”大黑船这才停了下来，双方开始接触。
不过，培理并没有打算把美国总统授予的国书交给低级的日本奉行所官员，他也不想绕到指定的开放港口长崎去递交，当然，除非万不得已，他也不会对日方动武。据说，培理曾将两面白旗交给日本人，其大意是：你们可以选择开火，但若是打不过想停战的话，届时这两面白旗就可以派上用场了……据美国舰队翻译、传教士兼汉学家卫三畏的记载，培理舰队先到的香港，之后经琉球北赴日本。由于听说卫三畏会日语，所以坚持邀请他一同前往。卫三畏曾这样描绘双方的初步接触：“我们刚一抛锚，浦贺当局就采取了警戒措施，派了12艘满载士兵的船企图来包围我们。经过一番谈判，我们只允许他们派两三个官员到船上来，但我们拒绝和他们谈任何实质性的重要问题，而是让他们回去，并找一个高级官员来接受致江户当权者的一封信。”对美国舰队的无礼与蛮横，日本官员感到既愤怒又惧怕，但他们终究离开了，之后派来四艘装满了武士的大船。那些人身强力壮，几乎赤身裸体，并不断发出野蛮的叫嚣声。样子看起来挺吓人，但日本武士们还是不敢接近美国船。卫三畏也认为，那一定是装满了大炮的巨型战舰起到了作用。到了晚上，美国舰队发射了四枚烟火弹，并向空中开炮，日本人更是被美国人的盛大声势搞得不知所措。
卫三畏记载说，次日一大早，浦贺所的最高官员来到船上，他在询问了美国舰队的来意后故作恫吓：你们这些个洋人，不去长崎而跑到这里，这是违反日本法律的！你们应当知道，我们日本的法律，是如何如何的严厉……美国人则答复他说，我们伟大的美国总统派要员给日本天皇送一封信，美国的法律也是世界上最严格的，任何人都必须遵守。
听了这话，日本人总算松了口气，但他们简直不能相信，美国人搞这么大动静就是为了送一封信？！在美方的坚持下，他们最后还是找了一个会说荷兰语的日本人前来交涉。对此，卫三畏也松了口气，因为他虽然在广州杲了20年时间，但之前只是跟几个文化程度相当差的日本水手学过一点日语，而且已经有七八年没有练习了。
不管怎么说，美国人虽然不会说日语，日本人也不会说英语，但双方最终还是达成了妥协。7月14日，在一个名叫久里滨的小村庄里，双方举行了信函交接仪式。那一天的场面很大，美国舰队共派出400人（50名军官、50名乐师、112名海军陆战队员，其他均为海员），全体人员全副武装，枪上弹，剑在手，保持高度警戒。日本方面也不示写马，他们派了50名官员和一支1500人的军队，另外还有数千闻讯赶来的围观者。对于美国人及黑船所有的一切，日本人都感到十分新奇，就连美国水兵喝剩丢弃的啤酒瓶子，他们也都奋不顾身的跳入海中将其捞起。在他们看来，这些啤酒瓶就如同月光宝盒一般稀有而神秘。
据卫三畏的观察，双方在交接仪式上都表现得举止得体，秩序井然，但除交接信函外再无其他内容。而这样的经历对日本官员来说似乎并不愉快，他们都直挺挺地坐在一种轻便的折凳上，一副煞有介事的样子，仿佛在接受审判一样一本正经。在卫三畏看来，日本人的衣服花花绿绿，相当怪诞，显示出他们的品味不高，比中国人的长袍差远了。
美国东印度舰队在江户湾呆了一星期后，由原路经琉球返航上海。离开前，培理话含杀机地告诉日本官员，对于美国总统的信函与要求要好生琢磨——特别要善待在日本海域停靠或失事的美国船只——在明年春天作出答复还不迟，因为他那时将率一支实力更强大的舰队前来听取答复。不过，若是日方不能合理对待美方要求的话，届时怕是不免要诉诸武力了。
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