个来自利比亚沙漠的家族建立起自己的政权，是为第二十二王朝。第二卜二王朝的第一位君主是舍尚克一世。在一个多世纪的神权统治之后，舍尚克一世决心恢复君主的权力，限制神权，同时采取强硬的对外政策。舍尚克将自己的儿子任命为底比斯阿蒙神庙的最高祭司，从而将独立的上埃及地区纳入中央政府的控制之下，同时通过王室成员与地方大家族的联姻来笼络地方势力。这位善战的君主还带兵进入黎凡特地区，恢复埃及在东地中海地区的影响力。在底比斯，舍尚克一世大兴土木，扩建了卡尔纳克阿蒙神庙。然而，第二十二王朝的统一并没有持续太久，地方分裂倾向也没有因为舍尚克一世所采取的种种措施而减少。地方官员的职位仍然是世袭的。公元前9世纪中期开始，国家又陷入了分裂状态，底比斯阿蒙神大祭司登基称王，三角洲各个地区的军阀也纷纷称王。到了公元前八世纪中期，希拉克里奥玻利斯，赫尔摩玻利斯等地都纷纷独立，建立起小朝廷，是为第二十三王朝。随后，在尼罗河三角洲西部的塞斯城也建立了小朝廷，是为第二十四王朝。
就在埃及政局纷乱复杂之时，埃及南部的努比亚库什王国悄悄强大起来。库什国王皮耶率领努比亚军队攻入埃及，夺取了埃及的大部分地区，各地的小王朝纷纷表示臣服。然而，皮耶凯旋回朝后，埃及回到了四分五裂的状态。皮耶的儿子再次出兵埃及，将埃及纳入库什王国的版图，是为第二十五王朝。第二十五王朝的努比亚君主们为了给自己的统治寻找合法性，将首都定在古城曼菲斯，接受了阿蒙神信仰，推行复古政策，在艺术上也模仿古代，使得埃及的文化艺术进入短暂的繁荣期。然而，国家表面上虽然得到了统一，地方势力实际上仍然各H为政，享有很大的自主权。
从新王国末期到第三中间期，埃及的社会经济生活也发生了深刻的变化。在经济上，由于对周边地区的控制力逐渐减弱，以及冈内经济的衰退，埃及在财富方面面临看枯竭的窘境。昔日来自周边附属国家的朝贡已经不复存在，埃及人无法再从努比亚得到大量的黄金，也无法从黎凡特地区获得钱财。盗墓活动因此猖獗起来——不法分子打起了古代陵墓的主意，为了得到黄金和宝石，先辈的陵墓悉数遭到盗掘，很多甚至遭到了严重的破坏。到了后来，官方也利用古代墓葬来获得财富，从国王谷中第十八王朝和第十九王朝的墓葬中“回收”大量金银，将国王谷当成了巨大的金矿。第二十二王朝初期，底比斯的祭司们将新王国法老的木乃伊重新安置在代尔·埃尔一巴哈里附近的一座墓穴中，这个墓穴原本可能属于第二十一王朝大祭司帕涅杰姆二世，祭司们为先王们制作了新的木棺，秘密运送到这座陵墓中，再将人口封闭。当时的国王谷已经饱经洗劫，祭司们为了保存诸先王的遗体，才想出了这个办法。这些君主的遗体虽然得以保存，但原本随葬的珍宝和黄金棺椁早已不翼而飞。第十八王朝法老阿蒙荷太普二世的陵墓也成了“木乃伊储藏室”。第二十一王朝早期，图特摩斯四世、阿蒙荷太普三世、美利恩普塔以及第二十王朝的几位法老都被安置在阿蒙荷太普二世陵墓的一间墓室中。这些伟大的君主大概永远也不会想到，自己最后竟然不得不离开精心准备的陵墓，也失去了所有的随葬珍宝，还要跟“同僚”——其他时代的法老们——挤在一间小小的墓室里面。所幸他们的遗体都得到了保存，他们的名字也流传下来，3000年后的我们还能够知道他们的事迹，满足了他们想要流传千古的愿望。
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