1561年8月，当小玛丽准备返回自己的苏格兰王国时，她想得到伊丽莎白的允诺安全通过英格兰境。伊丽莎白同意了，但前提是只有小玛丽同意签署《爱丁堡条约》，条约声明小玛丽必须宣布放弃英格兰皇位。小玛丽可不想这样。她知道伊丽莎白暗中勾结苏格兰领主，那些领主不合时宜地对小玛丽反戈相向，这一下子激怒了她。
为了显示自己的宽容大度，小玛丽给伊丽莎白写信，声称自己从来不会与她对着干，尽管同伊丽莎白意见相左的许多臣子在“不论是宗教事务还是其他方面都想要拉拢自己，自己还是不为所动”。换言之，小玛丽用盛气凌人的口吻提醒伊丽莎白，在英格兰还是有人认为她玛丽才是真正的女王的。这种口气肯定会招致伊丽莎白的憎恨。
当真的要对付表妹的时候，伊丽莎白还是犹豫了，最终还是同意让她安全通过。可是小玛丽已经决定按着自己的意愿1告诉所有人船要在英格兰靠岸。伊丽莎白当然会俘获她，然后处决她。“她太高了’’
当小玛丽回到爱丁堡时，受到了民众的热烈的欢迎。她一到那里，礼炮就在空中齐鸣，人们簇拥在街道上只为了一睹她的芳容。她觉得这里已经今非昔比了。一方面，越来越多的清教徒处在哥哥詹姆斯·斯图尔特的统治下，同时也能感受到暴躁的加尔文教布道者约翰·诺克斯的影响。小玛丽一到苏格兰就见到了这个厉害的角色，还被他恐吓要尊崇加尔文教神灵，否则“上帝会以瘟疫降罪于你”。
从法兰西温暖的卢瓦尔河谷来到气候不怎么宜人的苏格兰，这对于小玛丽来说是个艰难的适应过程。她的民众为她着迷——早期一位传记作者说，这位佳人“似从天上来”，但却亦步亦趋、惴惴不安。伊丽莎白却还继续和小玛丽为英格兰皇位的问题纠缠不休。
小玛丽派遣了代表，莱星顿家的威廉姆·梅特兰来警告伊丽莎白，英格兰的皇位是非自己莫属。伊丽莎白回信说，自己非常理解，而且也不争辩，只是说现在指定继承人很危险，因为有人很可能会跑去支持小玛丽而把自己推翻。这就像是“看着自己的裹尸布在眼前飘一样”，她恰当地比喻道。
她真预料对了。很快，伊丽莎白患上了在当时根本无法医治的天花。她后来这样描述：“死神揪着我的每一处关节。”高烧了一个星期之后，身上的疹子结痂脱落，但她仍然要与外界隔绝。这场病让她急于与小玛丽会面。所以1563年伊始，她便向苏格兰驻英格兰的大使詹姆斯·麦尔维尔提出了惊人的建议——如果小玛丽同意嫁给罗伯特·达德利，她才有可能被提名为下一任继承人。值得一提的是，这个男人可能是伊丽莎白爱了一辈子的男人。
麦尔维尔大吃一惊。他猜测女王和达德利是情人关系，尽管这不是事实，但与伊丽莎白长谈之后，才意识到她所言确非儿戏。麦尔维尔说，会将此建议带给玛丽女王。但小玛丽却不予考虑。一方面，达德利是清教徒，另一方面，伊丽莎白有什么资格干涉小玛丽的婚姻？再者，麦尔维尔是伊丽莎白的宠臣，他们只不过是小玛丽长篇史诗中的配角，仅供一时之娱而已。
谁是最美丽的女王，伊丽莎白还是小玛丽？伊丽莎白带有戏谑强调地询问麦尔维尔。
麦尔维尔巧妙地回答说，伊丽莎白是英格兰最美的女王，玛丽是苏格兰最美的女王。伊丽莎白接着问他，谁更高一些？麦尔维尔坦率地回答：“玛丽更高。”
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