从科学与宗教关系的历史考察入手展开论述。
既涵括了从哲学思辨、知识体系及社会发展的角度对科学与宗教关系的深度思考，亦从历史学、社会学的维度对不同区域和语境中的科学与宗教关系做出梳理和总结。
既有基于文献视角的综述及归类，也有对典型个案的实证性研究。
《科学、宗教与人文传统》分上、下两编对科学、宗教与人文传统之间的关系展开了精彩的论述，对五大宗教及印度教与科学，中外语境下科学与宗教、人文传统的关系述评，马克思主义的科学观、宗教观，科学精神与宗教信仰的调适及中国模式探讨等几个方面进行了深入研究。《科学、宗教与人文传统》在现代科学文化的背景下，从更为具体的层面对不同区域和语境、不同历史时期的科学、宗教与人文传统之间的关系进行深入考察，有着积极的现实意义。
科学的三种范式导致科学与宗教的不同范式。
宗教是博物学的，科学是数理学的，现在是STS时代。
古代，宗教容易占据主导地位；近代，科学占据主导地位；现在，二者应该在多元语境中并存共荣。
现在人们一般说的科学与宗教关系，主要指近代以来科学与基督教的关系，因为只是到了近代，才有了现在意义的科学。至于其他宗教与科学的关联，其实并不直接。考虑到现代科学主要有希腊文化和希伯来文化两个远源，因此我们大体可以把基督教与科学的关系分为三段：
1．博物学传统下的科学与宗教（宗教统御博物学）
哲学就是博物时代的产物，它和宗教、艺术一样，是博物时代的精神遗产。哲学作为最古老的学问，深深地扎根于人类的博物学知识传统中。所以，哲学只能是爱智慧，而不能“拥有”智慧。爱是一阶的体知和亲知的过程，而“物理学之后”就成了二阶的，因为不只是物理学之后诸篇，而且是透过物理学的现象看本质和本体。哲学因此就走上了背井离乡之路。
哲学或形而上学为什么叫物理学之后，而不是数学之后？因为那时的物理学相当于一般的自然之学，而不是现在严格分科意义的物理学，所以形而上学作为对一般自然之学的研究，才叫自然哲学，由此可以看出形而上学的两性，即在物理学之后也还留博物学特性的根。其实，我们现在所说的本体论或存在论，就是博物学属性的东西，所以现代哲学回答不了这样的问题。
本来，古代的数学、物理是分着的，代表严格科学思路的是那个数学。后来二合一，物理通过实验获得的新经验被数学化，这才有近代的科学革命。所以康德、胡塞尔都把数学当作“理想科学”。
说来，最早破坏哲学博物特性的就是那个苏格拉底，因为他一直讲争论，讲“辩”，非要辩出个你死我活来。于是，便打开了思想的潘多拉的盒子，启动了知识精细化纯粹化的进程。结果，第一个建立反博物学范式的就是苏格拉底的学生柏拉图。他作为数理哲学的鼻祖，综合吸收了前辈的劳动成果，提出了一个“高于”老师的观念化理论化的范畴——相或理型，这样一个观念的抽象物不是自然就有的。整个西方文明都是建立在他的这样一种思考模式之上的，由此我们可以重新去理解怀特海对柏拉图的评价。
细心追溯柏拉图这个想法的来源，又发现他的相的原型主要又来自那时相对比较成熟的毕达哥拉斯的数学即几何学。柏拉图发现数学的对象具有先天的普遍特征，所以其知识系统不同于古老的博物学知识的松散性，而是严谨的完整的。于是，他就在自己的学园门口钉上一块牌子——“不懂几何者勿入”，意思是那些只懂得博物学知识的人不要进来。由此可见，老师苏格拉底的追求或教会，加毕达哥拉斯的几何原型，是柏拉图数理哲学的两大支撑。
比较而言，物理(自然)是“多”，数学是“一”。于是，古希腊哲学中的一与多的争论，其实体现的就是已经萌芽了的博物(自然)范式与数理范式的争论。结果，我们就看到，亚里士多德虽然是形而上学的奠基人，但他同时也是博物学的大师。
形而上学求的就是自然之杂“多”后面那个普遍的“一”，所以它使哲学走上了“数学”化的道路。特别是近代数理科学使哲学进一步“数学”化。为了使哲学能够科学化，人们只有在知识学上首先给哲学奠基，才能说清哲学的一、二。于是，哲学就成了知识形而上学。
但是，形而上学由于其起源的特性，它是不可能纯粹化的，当代科学为什么排挤形而上学？就是因为它的不纯粹性。
本来自然哲学是很好的，但是后来数理科学兴起之后它就被抛弃了。而在博物学看来，世界上存在的东西没有没用的，一个东西怎么能随便就抛弃？结果，人们天天反哲学、否哲学，却仍然无济于事。之所以如此，就在于哲学的博物性中的根性，在于哲学乃家园之学。
在人类所有的知识体系中，哲学是最博物的。不博物，就不能成其为哲学。所以，大哲学家不仅是博学的，而且是博物的。如赫拉克利特、亚里士多德、斯宾诺萨、莱布尼茨、达尔文、黑格尔等，莫不如此。
第一段的前半段是“两希”文化尚未相遇的阶段，即希腊和罗马早期阶段。按照哲学上的划分，那个时代的人类知识还处于自然哲学阶段。虽然希腊人也讲科学，但不是现代实证意义上的科学，而是一种普遍正确的知识，通常和逻辑有关。希腊自然哲学的起源并没有基督教参与，但却有希腊本土的宗教和神话参与，而且希腊知识恰恰是以本土宗教和神话为基础建构起来的。希腊科学的四大领域即数学、物理学、天文学、医学的起源，都有神话和宗做基础；而且，通过毕达哥拉斯和柏拉图，宗教对希腊科学也有定型化的影响，最明显的是 几何学被推崇备至。甚至希腊时代的理性精神如辩证法、爱智慧、思想的纯粹化(形式逻辑)等，也都有宗教色彩，只不过希腊时期的宗教是多神教，具有强烈的神话色彩，众神也都具有半神半人的特性。
第一段的后半段是从古罗马后期开始的中世纪时代。古罗马社会中后期，作为一神教的基督教在经历了长期的传播后，开始在社会中居于主导地位，逐步取代了希腊时期的多神教和自然哲学。西方社会开始进入宗教伦理时代。最初是自然哲学的解释开始让位并融入基督教，最后是实证的科学慢慢兴起。历史经历了一个从思辨的到信仰的再到实证的过程。西方哲学研究中有人把古希腊罗马和中世纪统一叫作本体论哲学的时代。
许多人认为，起初是宗教打倒了科学。其实，那个“科学”不是后来实证意义的科学。可能的情况是，按照当时人们的认识习惯和水准，希腊的自然哲学知识在探究世界本源与人生意义等方面，并不比宗教更有说服力和影响力，因为当时的一神教从犹太教到基督教已经沿袭了几千年，其解释系统相当完备，已经在一定意义上回答了那个时代人们所关注的绝大多数问题。因此，从某种意义上说，或许正是中世纪的基督教，以自己的方式解答了希腊自然哲学留下的疑难。
然而与西欧不同，这个时期阿拉伯的科学与宗教同时获得了巨大发展，为近代科学的兴起提供了新的资源。在阿拉伯的世界里，人们没有感受到科学与宗教的严重冲突。
科学与宗教的冲突，和中世纪基督教的状态有关，它过于形而上学化，就成为了一个过于本体论的东西，所以也就把自己和地心说绑在一起了。
2．数理学传统下的科学与宗教(数理学排斥宗教)
数学与文明的关系非常密切。数学是现代文明的本质。数学长期影响西方思想，特别是中世纪及其信仰。这个知识型不得了。
西方科学之所以比中国学理化程度高，就源于对数学的高擎远举，也即把它当作了一种宗教信仰和天界之物。
同样，近代以来，伽利略把自然数学化和牛顿把科学数学化的运动，依然是把数学当成了近乎宗教的标准科学。近代科学革命从知识论上是数学对物理学的革命，或数学对自然的革命。所谓自然科学就是自然被科学，也就是被数学化，数学是自然的本质，把握了数学就把握了自然。物理成为科学就在于它本身被数学化。所以，数学是近代的神。现代科学是数学宗。对此，康德认为，数学的先天必然性是无须质疑的，而马克思也认为，“一门科学只有成功地数学化时，才算达到了真正完善的地步”。这正好和中国的世俗化的数学趋向相反。
科学在现代是个非同寻常的现象。它不仅是人类知识中的一类，而且成为一种关于意见、判断和结论正确与否的尺度，以及要否取舍的标准。也就是说科学正由根据变目的，科学沙文主义就是其最集中的体现。20世纪末在美国兴起的所谓“科学大战”，就再一次显示了科学君临一切的威力。因此，就整个社会对科学顶礼膜拜的态度而言，科学已确然变成了具有宗教化特征的东西。这个“宗教”所崇拜的物件是某种“理性”，它的掌门人是数学。在这个意义上，科学依然属于数学宗。这个数学宗在今天有许多新特点，如：世界的物质一元观，物件的绝对客观化，事物性质的结构决定论，科学真理顶峰论等。凡此，都不仅反映了科学的自大和狂妄，也表明了科学正在成为一种新的宗教，而它的根仍在于基督教。这也在情理之中，因为神圣化作为人类思维的一个根本维度是不可或缺的，因此在人们认为神圣的东西已被扳倒之后，必然还会将某种世俗的东西神圣化，在一切神圣都被剔除之后，留下的就只有自我神圣化了。马克思关于商品拜物教的批判依然适用于科学。所以当此之时，对科学给予某种宗教批判不仅是非常恰切的，而且是极其有力量的。
这样，我们就看到了一个景象:希腊思维中的两种传统正是在基督教信仰主义化育下成熟和发展的，西方知识发展的序列大致是：早期宗教信仰(毕达哥拉斯数学) ——普遍信念(柏拉图主义) ——公理化(欧几里得) ——信仰主义(中世纪) ——近代科学(信仰+实证知识+系统化)。由此可见，西方文化源于“两希”，科学也不例外，普遍理性、实验方法与信仰正是现代科学的三个支柱，是它们在特定条件下耦合——凸现的结果。今天要讨论科学精神，就是如何保持三者之间恰当的张力。
于是，科学发展到数理学范式，作为博物学范式下的宗教，就把中心位置让给了物理学。这不仅是知识重心的转移，更是主导纲领和知识范式的转换。所谓近代科学与宗教的互动，就是这两种范式之间的交接，是权力的转换，是系统的一次古来未有的大调整。所谓科学与宗教的冲突，就是系统快速转型期的一种不谐和现象。
科学与宗教是西方的事物，而且主要是西方近代的问题，是作为数理学的近代实验科学与作为博物学的宗教争夺系统的主导权的问题。但是，这个问题扩散到西方国家，就成了现代化中的一个新问题——科学与当地的传统文化的关系问题。
第二段的前半段是中世纪后期以来一直到达尔文以前的大约6个世纪。这个时期科学与宗教的关系发生了明显变化，科学成为一种关于世界的独立的说明形态。该时期科学与宗教主要是围绕着希腊和中世纪留下的基本问题，如宇宙的本质、第一推动、终极目的等，而在天文学领域发生争论，但最终变成我们能否和怎样获得真知识的问题。同一时期新的哲学家开始出现，他们主要成为新世界观的鼓吹者。
在这个阶段，科学与宗教对宇宙的解释在根本视角和地位上发生了互换。人类开始立足新的传统和方式来说明古老的问题，于是科学逐渐占据知识的核心地位并形成新的自然观。牛顿的世界观体系是其典型代表。
第二段的后半段是自达尔文以来的一个半世纪，科学与宗教主要围绕人的地位和来源问题而发生争论，间或涉及宇宙的起源究竟是自然起源还是神的创造或理智设计等问题。此时，科学获得了过程和变化的观念，以一种自然发生学的思路来对抗宗教的先验论或预成论。争论的领域也从自然转向人和社会。
科学和宗教为什么在近代会发生明显的冲突，究竟又是什么力量导致了科学与宗教角色的巨大变化？
关于第一方面，还得从所谓的科学革命开始谈起。人们在谈到科学革命时往往放大对它的理解，把这场革命理解为知识革命和社会的混合，而关于后者，又经常认为是科学对宗教的革命，甚至认为人类历史从此由宗教文化时代进入科学文化时代。启蒙思想家和后来的一些实证社会学家往往对此做出扩张性的诠释。
这样理解中的问题很严重。一方面，真正可以叫作科学革命的只是涉及科学自身的某种剧烈变化。而这体现的主要是人类对知识理解发生的变革。古代人对知识的理解主要是自然哲学的方式，因此所谓的科学革命也就是从自然哲学的方式向实证科学方式的转变。
当然，自然哲学作为前科学的历史，也融入到宗教对自身的理解中，所以实证科学与自然哲学的冲突，也就引申为科学与宗教及其所借重的知识背景的冲突，从而引起宗教的不满。具体则表现为，代表宗教利益的教会和代表实证科学精神的科学家之间的冲突，以及和这一事件伴生的新的异端教派利用科学的情况的出现。其实主要是知识论对信仰论的变化。历史自身有个运势。不过，这样一种紧张关系却由于宗教自身的改革而缓解，甚至根据韦伯和默顿的研究，宗教改革派对于新科学的发展在某种意义上还起到了外部推动作用。这也就变相地解释了科学与宗教之间并不存在必然的矛盾，它们只是由于第三方的关系而引发了冲突。现代的情况反而是一些宗教组织在大力支持科学的研究，甚至梵蒂冈科学院的研究成果还超过了许多国家科学院的水准。
再一方面，启蒙思想家的理解也有问题，因为人类文化的发展不只是简单取代的问题。科学与宗教在人类的思维史或精神史上不是一个支脉，而人类的思维史中一直存在着理性和信仰两个导向，这是一个不争的事实，其根源是人的有限性。如此，即使二者间存在“革命”，也只是彼此社会地位的变化，但宗教并没有因此就简单消除，而是变换社会身份继续存在和发挥着作用。
按照一般的理解，是中世纪后期的文艺复兴揭开了新时代的大幕。文艺复兴倡导人本主义反对神本主义，倡导感性反对神性。这和科学的实证性诉求是有一定联系的，所以科学就成了人本主义的同盟军。可是，随着科学和技术的大发展，人们又发现，科学和技术作为求知、创效、牟利的活动，其实并不特别人文，它对人的内在性并不怎么关怀，人被绑在科学技术的战车上，也成了牟利的工具。看看人类今天前所未有的身心状况，就知道问题严重到了什么程度。相反，倒是宗教很是关心人的内在的精神状态。现代人经常讨论科学与人文的关系，仔细分辨，大多不过是科学与宗教的关系。这就是向相反方面转化的历史的辩证法。之所以如此，是因为科学背叛了自己原初的身份而与权力合谋成为新的宗教，科学—技术—权力，形成一个利益链条。所以，正是权力成为一切历史表象背后的暴力杠杆。
其实，科学与社会中的组织权力并不是天然的同盟军。最初的科学只是小科学，是科学家的自由的研究。近代早期一直是这样。默顿命题的前后侧面，就已经很明确地揭示了这一点。后来，由于技术能够牟利的原因，政府把科学纳入麾下诱其效力而使之成为大科学，而提倡科学的世界观。科学也因之自骄其贵，遂成为各种政治意识形态的支柱。但是，科学这样做是违背其在自然哲学时期人与自然合一的原始本性的。这个本性由于今天人类组织的分化而依然在社会中被保有着。社会作为市民自我保持、自我决断和管理的自主领域，是现代化的最高成就。在大多数发达国家，宗教已经属于这个社会。而科学正在重复从前宗教与政权合谋的老路，还没有分化出来。在后现代的时代，至少科学的一部分，应该和宗教一样，同属于社会，同为人的尊严而战。社会由于其成分和结构复杂多样，因而将不只再有科学与宗教的单打独斗那样的二元对立或直接互动，二者的联系将因增加无数的中介而变得十分复杂。在这个意义上，今天宗教对科学的张力，实际是作为社会的一个单元，而对权力中心一分子之科学的抗拒。
3．STS视野下的科学与宗教(多样性共荣)
从古典时代到近代，再到当代，科学与宗教的关系是：道生一，一生二，二生三，三生万物的正反合过程。其中，道生一，说的是古典时代宗教与科学合一，宗教一元统领，从宗教产生科学，到科学回归宗教，形成一个循环；到了近代，是二元互动，科学从宗教中分化出来，是道生二的过程，科学的独立给宗教以极大的影响，甚至导致宗教发生改变；现在是由二进三，进入多元共生的高级关系时代，知识理性、信仰理性、实践理性三元乃至多元的互动关系。
所以第三段的前半段是，传统科学与宗教关系的消解。今天新的时代并没有形成，但已开始发生质的变化，特别是人们已更加自觉地尝试用新的观念，来重新理解科学与宗教的多种联系。这就是所谓后现代视野中的科学与宗教。其中最突出的是，由于时代理解平台和背景的差异，人们在对科学与宗教关系的理解方式上，开始从知识论转向社会学领域。这种关系的历史性变迁，展现的主要不是观点和立场，而是视域和方法论的变化。这对关于人和宇宙的重新理解有重要思想价值。尽管很多争议的问题并没有就此真正消除。
第三段的后半段是科学与宗教关系的重建。
科学与宗教：从知识社会学到知识类型学(从复杂系统运行到知识类型靠岸)。
科学与宗教：从数理学范式到博物范式(共生共在，知识百花园)。
问题的实质：科学与宗教是不同知识传统之间的关系。
上编
不同知识类型中的科学与宗教关系
在社会发展的视野中考察科学与宗教的关系
进化论在美国——兼谈宗教与科学
科学与宗教关系探究的新进路——从近年中美科学与宗教学术会议来看
20世纪初中国的“科学信仰”
当代中国“科学与宗教”研究的演进：1980—1999
下编
理性精神的发展与古希腊人的思维特征
从伽利略事件看科学与宗教的关系
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