分子识别是在分子水平上分子间有目的的选择性作用，是药物与生物靶分子相互作用的分子基础，也是分子组装，自组装选择性作用研究的核心内容。不仅是化学科学发展的新的增长点，也将是深入研究生命体系中化学问题的新的前沿。
　　《药物研究中的分子识别（第2版）》将介绍分子识别的基本概念，基本理论和研究方法并且对基于药物与内源性主要生物靶分子相互识别的药物设计做详细的讨论。
　　《药物研究中的分子识别（第2版）》作为《药物研究中的分子识别》的再版，不仅充分体现生命科学领域各学科间的深层次的交叉，而且将力求反映出化学与生物学、数学、物理学各一级学科间的相互渗透，特别着重于国内外生命体系中分子识别的研究现状和新发展趋势及其与现代药物研究的关系。

第一章 分子识别的理化基础

第二章 分子识别为基础的计算机辅助药物设计
第一节 计算机辅助药物设计
第二节 基于分子识别对蛋白质结构预测

第三章 DNA作为药物靶标的分子识别基础
第一节 DNA分子的高级结构特征
第二节 小分子药物与DNA不同作用方式中的分子识别

第四章 RNA的分子识别与反义技术
第一节 RNA分子结构与功能概述
第二节 反义核酸与反基因策略中的分子识别
第三节 反义技术应用中的分子识别

第五章 三链核酸的分子结构及其反基因策略中的分子识别
第一节 三螺旋DNA的分子结构特征
第二节 三螺旋DNA的稳定性研究
第三节 三链DNA的功能及应用

第六章 G一四链体核酸的结构及功能的分子机制
第一节 G一四链体DNA的结构
第二节 G一四链体的生物学功能
第三节 G一四链体在药物研究中的分子识别

第七章 小分子干扰RNA生物效应中的分子识别
第一节 RNA干扰的机制
第二节 RNAi在抗肿瘤抗病毒应用中的分子识别

第八章 酶学研究中两个重要进展和分子识别
第一节 核酶
第二节 抗体酶

第九章 以蛋白酶为靶的合理药物设计中的分子识别
第一节 概述
第二节 丝氨酸蛋白酶抑制剂设计中的分子识别
第三节 病毒3C蛋白酶抑制剂的设计中的分子识别
第四节 J3一内酰胺水解酶抑制剂设计中的分子识别
第五节 腺苷高半胱氨酸水解酶抑制剂中的分子识别
第六节 HIV相关酶抑制剂设计中的分子识别

第十章 以受体为靶的药物设计中的分子识别
第一节 受体的基本概念
第二节 以受体为靶的药物分子设计

第十一章 核酸与蛋白质的相互作用中的分子识别
第一节 核酸与蛋白质相互作用的分子基础
第二节 能与蛋白质结合的DNA结构域模式
第三节 蛋白质与RNA相互作用中的分子识别
第四节 蛋白质与核酸的非特异性与特异性相互作用
第五节 以核酸和蛋白质相互作用为基础HIV-1Tat-TAR结合抑制剂设计中的分子识别

第十二章 分子识别的研究方法
第一节 DNA与小分子作用方式的分子机制研究方法
第二节 测定小分子与DNA结合强度的光谱滴定方法
第三节 小分子药物与DNA作用的特异性研究
第四节 研究蛋白质一核酸相互作用的技术