《瘟疫论》为温病学名著，明末吴有性(又可)著，成书于1642年。
全书2卷。上卷50篇，阐述温疫病之病因病机，初起症状、传变诸证及其治疗，攻下诸证及下法运用，用药禁忌及预后转归，辨伤寒时疫、发斑战汗等；下卷36篇，论述温疫病之病因、种类、流行、传变、治则、治法，阐述疫病传变、变证、兼证及女人、妊娠、小儿时疫的治疗和调理，辨析伤寒例及诸家温疫之正误。
本书首创杂气学说，认为温疫之为病，不是六淫外感，而是天地间特有的致病杂气(又称异气、戾气、疬气)经由口鼻而人所致，具有强烈的传染性，与伤寒绝然不同；在温疫治疗上，创建达原祛邪理论，提出疏利透达分消之法，强调攻下逐邪为**要法，创制达原饮、三消饮等名方。该书既是我国首部温病学专著，也是温疫学说的奠基之作，具有极高的学术研究和临床应用价值，是中医学习、研究和临床必读之书。
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