本书主要介绍了分子生药学关键技术方法——重要资源转录组的理论、技术及研究方法。全书分为三篇：第一篇系统论述了药用植物转录组研究的现状和主要技术方法，并重点探讨了基于同源基因功能分化的药用植物活性成分变异机制，以及功能性EST-SSR标记的概念、优势、应用范围等；第二篇全面介绍了药用植物转录组的操作流程，包括转录组数据的组装、基因克隆及表达分析、数据库使用及生物信息学分析、SSR标记开发等；第三篇主要介绍了药用植物与真菌转录组研究的参考范例。
本书从理论、技术、实际应用的角度全面介绍了药用植物转录组这一关键技术方法，同时提供了可操作性强的实验指导。本书不仅可以作为医药院校生药专业、中医院校中药专业的本科生、研究生及教师的实验教学用书，也可作为相关科研人员的参考书。

第一篇理 论 篇

一、 中药资源转录组概述3
（一） 转录组的研究目标3
（二）  转录组的研究方法5
（三）  中药资源转录组研究现状5
（四） 中药资源转录组研究展望12
二、 同源基因功能分化与活性成分变异机制22
（一） 同源基因的正确注释是研究药用植物活性成分
变异的重要前提22
（二） 重复基因的功能分化是形成药用植物活性成分
变异的基础24
（三） 药用植物基因功能分化决定其活性成分的变异26
三、 功能性ESTSSR标记31
（一） 功能性ESTSSR的基本概念31
（二） 功能性ESTSSR的开发流程32
（三） 功能ESTSSR的优势35
（四） 功能性ESTSSR标记在中药资源中的应用36
（五） 药用植物功能性ESTSSR标记展望38
〖〗第二篇技 术 篇

一、 转录组数据的组装43
实验一样品收集与保存43
实验二RNA提取44
实验三mRNA分离纯化47
实验四Solexa文库制备49
实验五上机测序53
实验六转录组数据组装59
实验七转录组数据功能注释61
二、 基因克隆及表达分析64
实验八基因克隆64
实验九基因表达分析71
实验十共表达分析80
三、 数据库使用及生物信息学分析84
实验十一核酸数据库及其使用84
实验十二蛋白质数据库及其使用91
实验十三代谢数据库及其使用96
实验十四文献数据库及其使用101
实验十五NCBI序列数据的提交104
实验十六多序列对位排列分析109
实验十七系统发育分析112
实验十八核酸序列的分析和转换117
实验十九基因开放阅读框预测123
实验二十蛋白质理化性质预测129
实验二十一蛋白质亚细胞定位信号预测130
实验二十二蛋白质信号肽和跨膜结构域预测132
实验二十三蛋白质二级结构和三级结构预测135
四、 SSR标记开发139
实验二十四SSR位点开发139
实验二十五SSR引物设计140
实验二十六基因组DNA提取143
实验二十七琼脂糖凝胶电泳145
实验二十八非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳147
实验二十九SSR数据统计149
实验三十SSR数据分析155
〖〗第三篇实 践 篇

一、 金银花转录组与质量评价标记筛选161
二、 地黄根部转录组文库的构建及响应连作障碍关键基因的
筛选174
三、 比较转录组学和代谢组学相结合研究丹参酮生物合成分
子机制186
四、 罗汉果果实转录组测序的研究209
五、 基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对甘草根基因表达的
调控222
六、 基于黄芩cDNA文库的功能ESTSSR标记开发236
七、 茯苓转录组SSR序列特征及其功能预测255
八、　川西獐牙菜（藏茵陈）转录组SSR信息分析268
九、 厚朴MVA途径相关基因鉴定及生物信息学分析288
十、 三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析301