本书共六章，第1章介绍生物信息学使用环境搭建，主要介绍Linux的发行版、安装、基本配置及远程访问工具；第二章介绍生物信息学分析中主要用到的基本Linux命令，并使用生物信息数据进行实例操作；第三章介绍生物信息学的基本序列比对，包括BLAST比对、BLAT比对及ClustalW多序列比对等；第四章和第五章介绍目前生物信息学研究领域的热点——高通量数据分析方法，包括基因芯片分析和RNA-seq分析；第六章介绍蛋白质结构预测的基本方法。全书内容介绍由浅人深，重视对生物信息学实践能力的培养，通过生物信息学工具和方法来分析具体的生物信息学数据，从而使读者逐步打开生物信息学的大门。
　　本书特别适合刚刚涉人生物信息学研究的初学者，同时也适合对生物信息学感兴趣的研究生参考使用。

第一章 生物信息学使用环境搭建
第一节 Linux系统简介
一、免费获取
二、跨平台的硬件支持
三、丰富的软件支持
四、多用户多任务
五、可靠的安全性
六、良好的稳定性
七、完善的网络功能
第二节 Linux操作系统安装及基本配置
一、Linux发行版介绍
二、Linux操作系统的安装
三、Windows XP系统与Fedora 18共存
四、Llnux下的远程访问配置
五、远程访问工具使用
六、Cygwin工具的使用
七、WinSCP
八、使用SCP终端命令在Windows和Linux之间传输文件

第二章 Linux与生物信息学
第一节 Linux文件系统介绍
第二节 Linux基本命令介绍
一、绝对基本命令
二、文件和目录操作命令
第三节 Linux环境下Vi编辑器的使用
一、启动Vi编辑器
二、几种模式切换
三、编辑相关命令
四、查找和替换命令
第四节 Shell编程基础

第三章 基因序列比对
第一节 BLAST比对
一、BLAST介绍
二、BL，AST程序介绍
三、BLAST程序安装
第二节 BLAT比对
一、BLAT介绍
二、下载BLAT
三、编译安装BLAT
四、运行BLAT
五、BLAT运行实例
六、在线运行BLAT
第三节 Clustal W多序列比对
一、简介
二、下载Clustal W
三、安装Clustal W
四、运行Clustal W程序
五、命令方式运行Clustal W
六、在线方式运行Clustal W

第四章 基因芯片分析
第一节 引言
第二节 DNA微阵列分析
一、DNA微阵列实验介绍
二、解释微阵列数据
三、对微阵列数据进行处理
四、对微阵列数据进行相似陛分析
五、对DNA微阵列数据进行聚类分析
六、自组织映射
七、对DNA微阵列数据进行差异表达分析
八、DNA微阵列数据分析相关工具

第五章 RNA-seq分析
第一节 引言
第二节 分析流程
一、数据准备
二、软件准备
三、RNA-seq分析过程

第六章 蛋白质结构预测
第一节 概论
第二节 从头预测法
第三节 反向折叠方法
一、折叠数据库的准备
二、建立合适的势函数
三、折叠模式的确定
四、蛋白最终模型的建立
第四节 同源建模
一、同源参考蛋白的搜索
二、结构保守区域的确定
三、序列比对
四、模型搭建
五、模型的优化与评估
六、同源建模的应用和展望
第五节 蛋白结构预测中常用的网站