《<清真释疑>研究》对《清真释疑》产生的历史背景、作者生平、著述原因、论述方法以及版本做了比较深入的研究，对原著进行了点校、对原文进行了分段、断句、标点和今译；对一些人名、地名、书名以及生词做了注释；对作者的思想进行了梳理和分析，补充了前人研究中存在的一些疏漏，纠正了一些学术错误，第一次将《清真释疑》这部清代文献完整地展现在读者面前。

　　【译文】
　　客人说：照你的说法，你们穆斯林做任何事情都有依据，不容置疑。我不知道，你们礼拜，拜的是什么神？供的是什么像？要说主宰存在，确实有根有据。但是，说天地万物都是主宰所造，你不想想，天地无穷无尽，谁能造化？儒家认为，天地万物是阴阳二气所生；春夏秋冬，日月往来，四季更替，阴晴圆缺，古今盛衰，饮食生活，都是天地自然之理，都有定数。你们穆斯林又有所谓赏善罚恶，由主宰亲自判断实施，丝毫也不借助于他人之手。如此说来，主宰既劳累又辛苦。而且，穆斯林在各地建设清真寺，每天入寺礼拜五次。礼拜期间男女混杂，有人说你们夜聚晓散，像这样的举动，自然会招来来人们的非议。
　　【原文】
　　余日：然。子所诘，皆合吾教之经内，具载有是问答。盖天下之大，心同理同。而各国有各国之书，各教有各教之论，要以不废纲常伦纪者为正教。虽语言异韵，字画各样，皆造物之大能，显著于天地，欲有心者，时相参证，非止一家而已。虽欲齐之，谁能齐之？
　　【译文】
　　我说：不错，你提的这些问题，在伊斯兰教经典里都有答案。世界虽然很大，但人们的心灵是相通的，道理也是相同的。然而，每一个国家都有自己的文书。
　　……

序一
序二
前言
第一部分 《清真释疑》产生的历史背景与社会原因
一 历史背景
（一）伊斯兰教传入中国的时间
（二）中国穆斯林的来源
（三）身份认同危机
（四）穆斯林学者的贡献
二 社会原因
（一）回汉文化存在差异
（二）个别大臣心存偏见

第二部分 《清真释疑》文本研究
一 金天柱及其资料来源与论述方法
（一）金天柱其人
（二）资料来源
（三）论述方法
二 《清真释疑》的刊刻与版本
（一）《清真释疑》刊刻时间
（二）《清真释疑》版本
（三）版本图样
三 学界对《清真释疑》的评价
四 前人对《清真释疑》的研究
（一）唐晋徽的《清真释疑补辑》
（二）海正忠的《白话译注（清真释疑）》
（三）宛景森的《清真释疑思想浅探》
（四）薛莲的《清真释疑版本考》
（五）“春风秋水”札记
（六）其他

第三部分 《清真释疑》原文点校、今译与注释
一 《清真释疑》序文
（一）再次重刻《清真释疑》序：
（二）石可宗序
（三）胡汇源序
（四）马廷辅序
（五）陈大韶序
（六）作者自序
（七）陈大韶点评
二 《清真释疑》正文
（一）纲领
（二）论饮食
（三）论伊斯兰教与天主教之区别
（四）论历法与斋课
（五）论丧葬
（六）论穿戴
（七）论认主与拜主
（八）论男女杂沓
（九）论夜聚晓散
（十）论保持气节
（十一）论修剃毛发
（十二）论崇拜偶像
（十三）论屠宰牲畜
（十四）论沐浴净身
（十五）论祭祀亡灵
（十六）论投胎转世
（十七）论神道与法术
（十八）论出家修行
（十九）结束语
（二十）陈大韶点评
（二十一）上馆卿余公请序书

第四部分 金天柱宗教哲学思想研究
一 金天柱教义思想
（一）真主的存在与独
（二）真主的方位
（三）天地万物的生成
（四）赏善罚恶
（五）对其他宗教的批判
（六）穆斯林不拜佛的理由
二 金天柱教法学思想
（一）饮食禁忌
（二）斋戒的现实意义
（三）天课的社会价值
（四）土葬的好处
（五）服装的颜色
（六）男女有别
（七）饮酒的危害
（八）修剔毛发
（九）屠宰牲畜
（十）沐浴净身
（十一）金天柱与教法宗旨学
三 金天柱哲学思想
（一）人本主义思想
（二）资源有限思想
（三）积极入世思想
（四）忠君爱国思想
（五）关于孔子的身份
（六）对儒家思想的取舍
结语

参考文献
一 中文书目
二 外文书目
（一）阿拉伯文
（二）英文
三 主要参考书目
四 网站
后记