尽管随机对照试验是一种最佳的设计类型，但实施过程中仍存在诸多挑战。如：①参与者必须同意接受随机分组；②最好是双盲研究，但在体力活动干预项目中显然不可能做到双盲，只能单盲；③由于依从性差与退出的问题，可能会带来偏倚；④由于大型随机对照试验研究征集研究对象的种种困难，因此，研究对象往往是高度选择性的，这就带来外部效度的降低，即结论难以外推。如内科医生健康研究，用于研究阿司匹林对预防心血管疾病的作用和β-胡萝卜素预防癌症的研究，研究对象局限于白人、健康的中年男性内科医生这一特殊群体，结论的外推需要慎重，如外推至年轻男性、女性、少数民族、非内科医生等，都存在问题。
尽管随机对照试验是一种验证研究假设的研究设计类型，但是很多有关体力活动的重要问题不能应用这种设计来解决。如研究者感兴趣的可能是何种运动类型、频率、强度、持续时间等对于减少心脏病是最佳的。理论上，可以将研究对象随机分组接受不同的运动干预或作为对照，跟踪观察心脏病发病率的信息，但随机对照试验难以实现。假设中年男性发生心肌梗死的危险是每年7/1000，想要获得140名病例，就需要20000名男性随机分组干预一年，20000名男性都要在干预前后进行危险因素评估，其中干预组要进行给定运动强度的运动，对照组则不能运动，由于样本量大，还需要在多中心开展研究。显然，如此大的工作量和花费几乎是不可能实现的。在体力活动研究中，已经有一些小型的、易于管理的随机对照试验用于研究不同水平的体力活动或训练如肌肉功能、平衡、步态、血压、胰岛素水平等的干预研究。研究设计的终极目标是评价自变量（如体力活动、体质）的变化与因变量（如损伤、疾病或死亡）之间的关系。当我们讨论研究的证据强度时，应当注意各种研究设计类型的优缺点。
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