湖泊生态系统是在湖泊长期的自然演变过程中所形成的，并处于相对的平衡状态。人们在利用湖泊资源时，如果忽视了湖泊生态系统的整体性，破坏了其中某一环节，就会引起一系列连锁反应，使整个生态系统失去平衡，导致资源的衰减。一些地区对湖泊资源的不合理开发利用，破坏了湖泊生态系统平衡，导致湖泊生物多样性锐减，湖区植被衰退，湖周土地沙化，湿地严重萎缩，湖泊系统急剧退化，严重威胁着周边地区生态安全。许多湖库被过度开发利用，修坝、大量引水、调度不科学致使水体交换能力大大减弱，水体功能失调或丧失，加剧水体污染和富营养化。此外，农业和农村面源污染严重，威胁湖库水质的安全。
由于水利工程的兴建，长江沿岸已有50多个大中型水电站，致使众多湖泊（除洞庭湖、鄱阳湖和太湖外）与长江隔断。江湖之间的洄游和半洄游性鱼类的通道被阻，致使溯河性的河蟹、鳗鲡、鲥鱼，以及在江湖间洄游的青、草、鲢、鳙等经济鱼类的自然资源锐减，鲥鱼已近绝迹。滥抓酷捕不仅使鱼类种群密度下降，而且造成品种单一化和小型化，进而导致鱼产量减少和商品的价值下降。例如与江河通连的湖泊，新中国成立以后兴建了许多闸坝，在水利上虽然发挥了显著的效益，促进了湖区工农业生产的发展。可是有的湖泊在兴建闸坝的同时，没有从生态系统的角度对湖泊进行周密的综合分析，以致建成的闸坝，切断了鱼、蟹的自然洄游通道，破坏了湖泊水域的生态平衡，引起了水利与水产之间的矛盾，使湖泊鱼产量大幅度下降。江苏省洪泽湖建闸前，鱼类年最高产量曾达4200万斤，自从上游的蚌埠闸建成后，淮河的水文状况发生了变化，青、草、鲢、鳙鱼的产卵场被破坏；下游的三河闸、万福闸建成后，又得不到来自长江的鱼、蟹苗源的补充，水产资源量减少，产量下降。安徽省的泊湖，建闸前的1955年，鱼产量达到700余万斤，其中青、草、鲢、鳙等大型经济鱼类占产量的54%，建闸后年产量则徘徊在200万斤左右，最低年产量只有90万斤，大型经济鱼类仅占产量的10%。河北省的白洋淀，过去是盛产河蟹之地，河蟹体大肥满，脍炙人口，可与江苏省的阳澄湖清水大闸蟹相媲美，遗憾的是下游枣林庄闸建成以后，该淀河蟹已近乎绝迹。
肆意排污、围网养殖等掠夺式开发，使湖泊萎缩、植被衰退、水质恶化等一系列苦果逐渐呈现。湖泊滩地围垦，耕地面积虽然扩大，粮食产量增加，但同时也造成许多大、中型湖泊面积缩小和许多小型湖泊消亡。因为湖泊滩地水生植物茂盛，是鱼类栖息和索饵的场所，围垦滩地必将影响水产资源的产量。位于江西省鄱阳湖东南部的信江、抚河入湖三角洲，其上苔草群落发育良好，是该湖鲤鱼、鲫鱼的主要产卵场所，对补充该湖鱼类资源起着重要的作用。20世纪60年代以来冈大量的滩地被围垦，鲤、鲫鱼的产卵场日趋缩小，造成了该湖鱼产量的明显下降。
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