氧气和缺氧
客舱空气中含有的氧气对健康的旅客和机组人员是足够的，但是由于客舱气压相对较低，此时血液的载氧量比在海平面时的载氧量要低。有健康问题的旅客，尤其是患心肺疾病和血液疾病，如贫血（特别是镰状细胞贫血），对这种低氧水平（缺氧）的耐受性就差。如果预先安排航空公司在飞行中提供一个额外的氧气袋，这些旅客就能够安全出行。不过，因为各国和航空公司之间的规定和做法不同，强烈建议这些旅行者，特别是那些想自带氧气的旅行者，根据旅行计划提前咨询有关航空公司。航班上需供氧的旅客通常被额外收取费用。
胀气
飞机在起飞爬升时，客舱气压下降导致体内气体膨胀。同样，飞机降落着陆时，客舱内压力变大导致气体压缩。这些变化可能对体内气体滞留的部位产生影响。
在飞机爬升过程中，由于空气从中耳和鼻窦中外逸，旅客经常会感到耳朵中“啪啪”作响，这种现象一般来说是正常的。当飞机下降着陆时，为了平衡压力，空气又流回到中耳和鼻窦像中。如果没有回流，就会感到耳朵或鼻窦像被塞住了一样，并可致疼痛。吞咽、咀嚼或打哈欠（俗称“清理耳朵”）通常会缓解不适感。一旦发现这些方法不能解决问题，应尽快捏鼻闭口（瓦氏动作）进行一次短促有力的呼气，通常会有所帮助。对于婴幼儿，喂食或给一个安慰奶嘴以刺激吞咽可减轻症状。
耳、鼻和鼻窦感染者因内外压力差无法平衡，而导致疼痛和损伤。应避免飞行，如果必须飞行，在临近起飞时和降落前使用可缓解充血的滴鼻液会有所帮助。
飞机爬升时，由于腹部气体膨胀可致不适，但通常很轻微。
某些手术（如腹部手术）和其他治疗或检查（如治疗视网膜剥离）可能会使空气或其他气体进入体腔。近期接受过此类治疗的旅行者应咨询旅行医学医生或为其治疗的医生，确定术后何时适于空中旅行。
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