首先，经常熬夜会造成机体的内分泌功能失调。长期以来，人体的内分泌活动与机体的生物钟节律形成了默契配合的完整体系，支配着机体的正常生理活动，如主管糖代谢和肌肉发育的肾上腺皮质激素，在人入睡后是分泌高峰。如果经常熬夜，这种相对固定的生理模式就要被打破，内分泌活动的节奏、效果都会受到影响，人体就有可能发生相应的疾病。
其次，经常熬夜会使人的免疫力下降。充足的睡眠和良好的饮食，被喻为机体充电的两条基本途径，相比之下，睡眠对机体健康的影响更大。加之，睡好是吃好的前提，睡不好就很难吃得好，会导致机体的营养状况更差，抗病能力下降便在情理之中，各种疾病也就会不期而至。最常见的是感冒、咽炎、肺部感染、胃肠炎、过敏等，甚至是浑身不适而又说不清症状的疲劳综合征。缺乏睡眠使人难以抵抗传染病，免疫系统功能的减弱使抵御早期癌症的能力降低，长期欠睡对身体的危害是惊人的，就像你向健康借了高利贷，恶疾的雪球只会越滚越大。有关文献显示，人一天不睡眠或睡眠不足造成的免疫力下降，第二天就会显示出来，下降人数占受测人数的76%。经常睡眠不足的人，其衰老程度是正常人的2.5～3.0倍。
再次，经常熬夜还会造成人的胃肠功能损伤。人的胃黏膜非常娇嫩，且寿命很短，平均2～3天就要再生一次。白天一日三餐，胃黏膜必须保质保量地完成饮食物的消化任务以适应机体健康的需要，而胃黏膜的更新任务则是安排在夜间机体休息状态下进行。熬夜的人，要吃夜宵，胃也要跟着加起夜班。胃的疲劳状态，加上老化了的黏膜得不到及时的更新，与之相关的疾病就很难避免。胃炎、胃肠溃疡等疾病的发生，与这种不规则的饮食习惯有密切的联系。经常性吃夜宵造成的脂肪过多堆积和热量过度增加，还常是引起机体发胖的原因，高血压、心脏病、糖尿病等也会接踵而来。香港大学的一项研究发现，睡眠不足会刺激肾上腺素分泌，减少胃部血流量，降低胃的自我修复能力，使胃部黏膜变薄，从而使胃溃疡和胃癌形成的机会增多。有不少熬夜的人喜欢用喝浓茶、咖啡和抽烟的方式提神，殊不知，这正是造成维生素B族损失的祸根，累身之外还有累心的危险。
瑞典和意大利学者调查的结果更严重，经常熬夜者心脏疾患的发病率较常人明显增高，心肌梗死的发病率较常人高出25%。哈佛大学的研究人员在美国《内科学文献》上报道，每天睡眠8小时的女性患冠心病的几率可以控制到最小。每天睡眠5小时或不足5小时的女性患冠心病的几率比睡眠8小时的女性高30%，比睡眠6小时的女性高18%，这项研究还发现，睡眠不好的健康老年人，死亡的危险是睡眠良好者的2倍。最近一个长期随访的研究证明，40～60岁的人每晚睡眠小于5小时者，发生高血压的危险增加2倍。经调整肥胖、糖尿病等因素后，睡眠太少仍然与高血压相关（增加1.6倍）。还有研究证明，大学生准备考试时，睡眠太少引起血管内皮依赖型血管扩张降低，细胞内镁含量减少。睡眠太少易发生高血压原因可能有：通常清醒时血压比睡眠时血压高，睡眠太少，醒的时间太长，一天中血压负荷较重；机体交感神经兴奋时间延长；交感神经兴奋可以加重血管、心脏结构重建，加重肾脏的钠潴留，从而使发生高血压的危险增加。高血压前期和血压在正常高限的人，特别容易发展成高血压，尤其应该保证有充足的睡眠。
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