1．对农业生态系统的危害
对农业生态系统的危害重点表现在对土壤及植物的危害。对土壤的影响包括：酸雨能加速土壤矿物质营养元素的流失，改变土壤结构，导致土壤贫瘠化，影响植物的正常发育；酸雨可使土壤微生物种群变化，细菌个体生长变小、生长繁殖速度降低，使分解有机质及蛋白质的主要微生物类群芽孢杆菌、极毛杆菌和有关真菌数量降低，影响营养元素的良性循环，造成农业减产；特别是酸雨可降低土壤中氨化细菌和固氮细菌的数量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用下降，影响农作物的生长。
2．对水生系统的危害
酸雨对水生生物造成的危害主要有两个方面。第一，随着水质的酸化，金属离子Ca2+Mg2+、Al2+等大量溶出，溶出的金属离子在水中的浓度大幅提高，从而大大增加了对水生生物的毒性，影响了水生生物的生长甚至生存。第二，水质的酸化导致水生态系统发生化学或物理反应，会使某些动物和浮游植物因不适应而死亡或者减少，进而导致维持各生物群体生长的食物链被破坏，最终导致物种减少甚至灭绝。最显著的是酸雨会使湖泊变成酸性，影响鱼类和其他生物群落，改变营养物和有毒物的循环，使有毒金属溶解于水中，并进入食物链，使物种减少和生产力下降。生态机能因而无法进行，最后变成死湖，对自然环境和社会经济造成巨大破坏。如瑞典的9万多个湖泊中，已有2万多个遭到酸雨危害。4000多个成为无鱼湖。美国和加拿大的许多湖泊成为死水湖，鱼类、浮游生物甚至水草和藻类均不见踪影。
3．对人体的影响
酸雨对人体的影响表现在三个方面：一是土壤的酸化使其中的重金属元素活化，通过食物链进人人体，危害人类健康；二是酸雾侵人人肺部，诱发肺水肿，甚至导致死亡；三是长期生活在含酸陸沉降物的环境中，人体会产生脂质过氧化物，导致动脉硬化、心肌梗死等疾病发病率增加。
4．对建筑物、机械和市政设施的腐蚀
酸雨会加速建筑物和材料的腐蚀，从而破坏各种材料、建筑物和人工制品，如桥梁、水坝、供水管网、地下储罐、水轮发电机组、通信设备等，对文物古迹、历史建筑、雕刻等重要文物设施也造成严重损害。
在大气污染问题中，酸雨是最迫切、最切身的问题。1852年英国化学家史密斯最先发现工业化城市曼彻斯特上空的烟尘污染与雨水的酸性有一定关系，报道该地区的雨水呈酸性，引起了世界各地的研究者和环境保护主义者的关注。随着工业经济的迅猛发展，该问题也日趋严重。1872年史密斯在《空气和降雨——化学气候学的开端》一书中首次使用“酸雨”一词，并指明酸雨是由燃烧引起的。1890年前后，伦敦先后发生多次烟雾事件。1948年美国匹兹堡烟雾事件造成6000人健康受损。
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