（4）核算范围的局限
SEEA账户设法把环境与传统经济核算中的经济活动联系起来，但并不能整合所有的环境问题，不能为可持续性发展研究提供全面数据支持。比如SEEA对经济活动产生的残余物做了实物上的流量核算，但想要研究这些残余物对人或其他生物的影响则还需要其他学科的支持，比如需要生物学或医学的调查研究，以获得残余物与人体健康之间的响应数据。
（5）灾害研究的薄弱
SEEA对于灾害问题的研究不够深入，灾害问题研究包括灾害产生原因的研究及灾害后果的研究。灾害与环境之间的关系还需要进一步考察，有些灾害可能是自然事件，不是由环境问题引起，但对环境有严重影响；有些灾害看起来是自然的，但其根源却是人类行为引起环境变化、积累到一定程度的结果，比如泥石流和洪水。考察环境引发灾害以及灾害引起环境变化并进一步影响经济，是SEEA将来需要重点研究的领域之一。
SEEA问世之前，已经有美国、挪威、日本等国在环境核算方面开展了一系列实践活动，SEEA问世之后，更多的国家和地区以之为蓝本开展环境经济综合核算，但这么多年过去了，SEEA至今仍未正式在任何一个国家得到系统实施，也没有国家正式地发布环境核算结果。本书认为，SEEA的实施面临的主要难点：
其一，现有的环境统计实物量数据不足。当前的统计制度主要是为SNA服务的，官方收集的统计数据主要针对经济社会方面，而对于环境方面的统计数据则非常有限，完善的环境数据收集制度尚未建立起来，相对于SEEA确定的广泛的环境核算范围，现有的环境统计实物量数据不能完全满足环境核算的需要。
其二，估价方法还不成熟。在SNA中，大多数经济资产都能收集到其市场交易价格，然而在环境价值核算中，目前有市场价格的环境资产则很少，大部分都需要用其他方法进行估价，估计的价格则会因为方法选择的合理性产生各种误差，无论如何都不能像市场价格那样能反映资产的真实价值。而且不同的资产有不同的估价方法，即使对于同一种资产也存在不同的估价方法，这些估价方法都建立在各种假设条件上，有严格的适用条件，有或多或少的待估计参数，这些问题都使得估计出来的价格难以令人信服。
其三，环境价值核算目前尚缺乏统一的可实施框架。未建立统一规范的核算标准，估价方法缺乏统一性，核算过程也还不能像国民经济核算那样做到组织化和程序化。
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