《蛋白质分析与数学：生物、医学与医药卫生中的定量化研究（上册）》第一部分是建立ID的内容体系与研究方法.确定它的理论依据、存在意义与基本方法。把蛋白质一级结构数据库看作一个生命语言的文库，并由此作它的语义与语法分析。第二、三部分的对蛋白质空间结构分分析。对此问题由两部分组成，即三维结构与空间形态结构部分。它们的研究目标相同，但思路与方法不同，它们都是大规模空间质点系的结果分析，但所采用的几何模型与计算方法不同。第四部分是在空间结构分析的基础上作它们的动力学分析，把信息动力学与分子动力学相结合的综合研究。第五部分是应用部分，针对多种具体的蛋白质（如血红蛋白、抗体与免疫球蛋白、酶与神经元蛋白等）与一些热点问题进行分析。

第一部分  概论
第1章  生物信息学与信息动力学
1．1  生物信息学与定量化研究
1．1．1  定量化的研究目标、内容与途径
1．1．2  不同学科的作用与贡献
1．1．3  生物信息学概论
1．1．4  生物信息学的近期发展与未来动向
1．2第二、三代测序技术
1．2．1  第一代核酸序列测量技术的发展原理
1．2．2  第二代测序技术的原理与特征
1．2．3  第二代测序平台
1．2．4  第二代测序的应用
1．2．5  测序技术的临床应用及展望
1．3信息动力学概述
1．3．1  ID的目的与意义
1．3．2  ID与物理学、生物学的关系
1．3．3  对数据库的说明
1．4  ID的基本原理与方法
1．4．1  ID的基本方法之一：信息统计法
1．4．2  几种重要类型的IDF
1．4．3  由IDF产生的词法分析
1．4．4  ID的基本方法之二：组合分析法
1．4．5  点线图的基本知识
1．5  语义分析概要
1．5．1  词与词法分析要点
1．5．2  词与句的关系数据库
l．5．3  由关系数据库做有关语法问题的讨论
1．5．4  词与句的网络结构
1．5．5  PIDF的因子分解理论
1．5．6  PIDF的运动分析与其他类型的分析
第2章  蛋白质一级结构数据库的工D的计算与分析
2．1  蛋白质一级结构数据库的ID计算
2．1．1  蛋白质结构分析概论
2．1．2  SP’06数据库的一般性质
2．1．3  ID的计算结果与初步分析
2．2  词法与句法分析
2．2．1  词法分析
2．2．2  词库D的极小化与极大化网络结构
2．2．3  词与句的关系数据库
2．3  相似蛋白质组的网络结构分析
2．3．1  对相似蛋白质组的搜索计算
2．3．2  相似蛋白质组的布尔网络结构
2．3．3  利用相似蛋白质组做人造蛋白质的构造设计
2．3．4  一些重要的小肽、寡肽与小蛋白
2．4  蛋白质的IDF与PIDF分析
2．4．l  计算结果与初步分析
2．4．2  计算结果的初步统计分析
2．4．3  协方差矩阵与相关矩阵的计算结果
第3章  分子生物的参数控制系统与工DF的控制问题
3．1  分子生物的参数控制系统
3．1．1  一些基本概念
3．1．2  对因子分解理论的补充说明
3．1．3  生物参数控制系统的数学模型
3．1．4  分子运动的动力学非线性控制系统
3．2  数据阵列PIDF的运动分析
3．2．1  PIDF运动分析的内容与意义
……
第三部分  蛋白质结构的动力学分析
参考文献
索引