国学倡导者的出发点最初不在研究而在保存，以养成国民的爱国心，所以强调抱残守缺，政治或文化关怀明显高于学术追求。此后，西学的精密系统日益影响国人的学术旨趣。较早设立的国学保存会每月开讲习会，商量旧学，相互切磋，并请刘师培担任正讲师。该会还准备开设国粹学堂，因经费不足而罢。但所拟定的学科预算，清楚显示出近代国学的内涵与旧学大相径庭。其学制为三年，科目包括经学、文字学、伦理学、心性学、哲学、宗教学、政法学、实业学、社会学、史学、典制学、考古学、地舆学、历数学、博物学、文章学、音乐、图画、书法、翻译、武事等①，至少形式上与旧学分科截然不同，采用了西学的分类法。
此外，国学倡导者大都从事新式文教事业，从私人书院式传习转向凭借近代大众传媒向社会广泛宣传。而对这一舶来品版面的模仿，很容易引起固有学术表述形式的改变。从传统札记变为近代学术的标志……论文，据说以《国粹学报》为最早。②该报从第五年起，政论性社说明显减少，而以学术著作为替代。第六年更取消社说，代以纯学术的通论。
国学保存会对后来的国学研究影响极大，或者说，它显示了近代国学研究共同路向的基调。从清末到民初，有章太炎开办于东京的国学讲习会、国学振兴社，章氏弟子马裕藻等人发起的北京、杭州国学会，谢无量、廖平、刘师培、宋育仁等人执掌的成都国学馆（后改名国学学校、国学专门学校），罗振玉、王国维的《国学丛刊》（1911年北京、1914年日本），唐文治的无锡国学专修馆，吴仲、沈宗畸等人的《国学萃编》（1908年北京），陈尔锡、吕学沅等人的国学扶危社及《国学》杂志（1914年东京、北京），倪羲抱等人的国学昌明社与《国学杂志》（1915年上海），南社姚光等人的《国学丛选》等。一些青年显然为此所吸引，也呼吁“振兴国学”③，决心编撰《国学志》（如顾颉刚）。统治者方面，鼓吹中体西用的张之洞等亦主张保存国粹，倡设各省存古学堂及古学院，还有人奏请设立国学专门学堂。①
这一时期的国学，无论派分如何，从主张、章程、科目看，抱残守缺的一面更为凸显，但也吸收西学。东京国学讲习会宣称：“真新学者，未有不能与国学相挈合者也。”②王国维更直接反对言学者有新旧中西之争，“正告天下日：学无新旧也，无中西也”，指争论者为不学或不知学之徒。他认为：“世界学问，不出科学、史学、文学，故中国之学，西国类皆有之，西国之学，我国亦类皆有之，所异者广狭疏密耳。”“中国今日实无学之患，而非中学西学偏重之患。……中西二学盛则俱盛，衰则俱衰，风气既开，互相推动。且居今日之世，讲今日之学，未有西学不兴而中学能兴者，亦未有中学不兴而西学能兴者。……虑二者之不能并立者，真不知世间有学问事者矣。”③官方倡导，虽被斥为“挟其左右学界之力，欲阻吾民图新之先机，以是为束缚豪杰之具辞”④，而且张之洞确有重守成轻研究之意⑤，但以国学为专门，本身就是对西学影响的回应。
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