通过书面问卷调查或实地考察方式，详细了解拟输出国家或地区植物检疫机构组织形式及其职能、检疫监管体系及其运行状况、检疫技术水平等情况，了解拟输出产品名称、种类、用途、进口商、出口商等信息。采用定性、定量或者两者结合的方法，对有害生物进入、定殖和扩散的可能性和有关潜在经济影响进行评估。根据风险评估的结果和与输出国植物检疫主管部门进行充分的风险交流后，确定检疫性有害生物名单，提出与中国适当保护水平相一致的、有效可行的风险管理措施。
在风险分析的基础上，中国与输出国家或地区就植物及其产品的检疫要求进行协商，签署检疫议定书、或制定工作计划、或确认检疫证书格式和内容，作为开展进境植物检疫工作的依据。国家质检总局也将向各直属检验检疫局通报检疫准入信息，包括允许进境该农产品的议定书、检疫要求、证书模板、印章印模等，有的还通报国外签证官的签字笔迹。
2.检疫审批
检疫审批是中国植物检疫的法定程序之一，是植物及其部分产品和其他应检物在入境之前实施的一种预防性植物检疫控制措施。为了降低有害生物随进境植物及其产品传人的风险，世界各国普遍采取该项措施。
国家质检总局2002年颁布了《进境动植物检疫审批管理办法》，建设推广应用了“进境动植物检疫许可证管理系统”，实行电子审批程序，提高了行政审批工作效率，增强了检疫审批的透明度。
（l）审批机构和审批物名录
目前中国涉及植物检疫审批的部门有国家质检总局、农业部和国家林业局及其省级部门，其中农、林业部门负责禁止进境物以外的植物繁殖材料的检疫审批和《农业转基因生物安全管理条例》规定转基因产品的生物安全审批。
国家质检总局根据法律法规的有关规定，在风险分析的基础上，对植物及其产品按照有害生物风险等级实施分类管理，制定、调整并发布需要检疫审批的植物及其产品名录。目前国家质检总局的植物检疫审批名录包括：果蔬类（来自地中海实蝇非疫区或已解禁的新鲜水果、番茄、茄子、辣椒果实）、烟草类（来自烟草霜霉病菌非疫区或已解禁的烟叶及烟草薄片）、粮谷类（小麦、玉米、稻谷、大麦、黑麦、燕麦、高粱等及其加工产品，如大米、麦芽、面粉等）、豆类（大豆、绿豆、豌豆、赤豆、蚕豆、鹰嘴豆等）、薯类（马铃薯、木薯、甘薯等及其加工产品）、饲料类（麦麸、豆饼、豆粕等粮食、油料经加工后的副产品）、其他类（植物栽培介质）。国家质检总局对以上产品签发《中华人民共和国进境动植物检疫许可证》。
国家质检总局植物检疫特许审批的名录包括：引进禁止进境的植物病原体（包括菌种、毒种等）、害虫及其他有害生物、土壤、植物有害生物流行的国家和地区的有关植物、植物产品和其他应检物。国家质检总局对以上物品签发《中华人民共和国进境动植物检疫许可证》。
农业、林业部门植物检疫审批《中华人民共和国进境植物检疫禁止进境物名录》以外的种子、苗木和其他繁殖材料，在风险分析的基础上分别签发《引进种子、苗木和其他繁殖材料检疫审批单》和《引进林木种子、苗木及其他繁殖材料检疫审批单》。
因科研教学等特殊需要，邮寄进境《中华人民共和国进境植物检疫禁止进境物名录》所列进境物的，必须事先向国家质检总局办理检疫审批手续。邮寄进境的植物种子、苗木及其他繁殖材料，收件人须事先向国家农、林业主管部门办理检疫审批单，因特殊情况无法事先办理的，应当在口岸补办检疫审批手续。邮寄进境植物产品需要办理检疫审批手续的，收件人须事先向国家质检总局或授权的进境口岸所在地直属检验检疫机构办理检疫审批手续。旅客携带植物种子、种苗或繁殖材料入境，因特殊情况无法事先办理植物检疫审批手续的，应当在抵达口岸时到直属检验检疫局办理植物检疫审批手续。
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