满洲人入关后，不断有明遗民在南方拥立明宗室继续抗清，先后有福王、鲁王、唐王、桂王建立政权。顺治四年（1647），更有郑成功起兵鼓浪屿，攻占金门等海岛，并在福建沿海奉唐王年号，再由桂王受封延平郡王，曾攻略浙江、江苏，直抵江宁（南京），声势浩大；顺治十六年（1659）为清军败于南京，失去昔日所占内陆土地，只好逃往厦门，并于顺治十八年（1661）率军驱走占领台湾的荷兰人，在台湾建立明郑（明朝郑氏）政权，继续反清复明。
自成功起兵鼓浪屿后，一切物品及练饷均取自沿海地区，尤以福建及广东等地的物资，更提供了明郑军队所需，清室虽已派兵多次攻打郑氏阵地，但多不习水战，且沿海居民多交通接济郑军，使清室无功而还，也对清初海防造成很大破坏。顺治十三年（1656）5月，户部给事中王益明已建议把沿海居民尽迂内地，尽收沿海渔舶，又令沿海船只停止出海，欲行海禁，以绝与明郑的交往，但成效不大，沿海居民仍把粮食提供给明郑军队，而郑氏也向沿海居民征收军饷。顺治十八年，朝臣黄悟、房星哗、苏纳海、施琅及张云章等人多次奏行“迁海”的政策，加上清室因监沿海居民多接济明郑军队，导致清室对明郑所行的剿抚政策多告失败，遂用朝臣建议，对沿海采取坚壁清野的迁海政策。
迁海禁令于顺治十八年八月戊午实施，主要明令江南、浙江、福建、广东四省，尤因福建及广东两省的居民为主要接济郑成功物资的地方，对此二地的居民当严行迁海令。
迁海令规定在一定的时限内，沿海地区派官员划以界线，在界线以外的居民，均要迁往界线以内的内陆地区居住，并立界碑、界桩、木栅，又开界沟及派士兵戍守，凡在界内的居民越出界者，均处死或以通海贼论斩。至于迁海的距离，有一种说法是距海五十里及三十里，因为各地的地势有差异，不能坚持特定的规定实施，依福建地区多迁三十里，广东沿海一带内迁五十里，其他地方，也有内迁四十里或二十里等，而香港地属新安县，接东莞，居民也属于迁界令之下，故居民多令内迁。这迁界令自顺治十八年下令，康熙元年（1662）实施，至二十二年（1684）才完全撤除，期间经历初迁、再迁及三迁。
迁海令导致新安县的发展受到严重打击，县属下的香港地区，其经济及文教事业也大受影响，新安县有三分之一的居民被迁，康熙五年（1666），新安县被裁，并入东莞，今天的香港岛、九龙半岛及新界的居民均要迁返内陆。依康熙时人靳文邀编《新安县志》所载，迁界实行期间，新安县户口由清顺治初户二千九百六十六，口六千八百五十一，男五千五百六十七，妇一千二百八十四，至康熙六年（1668），只有丁二千二百五十五，口一千四百一十二，新安县人口较迁界前大为减少。新安县没有船出海运送货物，致区内麦粟百物腾贵，渔、盐、海珠事业一度衰落，县内莞香木事业因人民被迫内迁，致种香人家流离失所，死亡者多，老香树也因居民离去，或受斩，或失照料，终致死亡甚多，促致区内的香业日渐衰落。湖广道御史李之芳、福建总督李率泰、两广总督周有德及广东巡抚王来任等倡议展界复界。王来任指出滨海地区一迁再迁，居民流离数十万，又立墩台、树桩栅，以重兵驻守界线，防居民出界，更是浪费公家，未迁之民，没有足够资助，无以维生，民生不堪其苦，奏请“初原迁之民，复业耕种，与煎晒盐斤，将港内河撤去其桩，听民探捕，将腹内之兵尽撤，驻防沿海州县，以防外患”，使清政府明白东南沿海迁海政令为居民带来的苦况：总督周有德也上奏展界，指出迁界后明郑的势力并未受到损伤，却致居民失所，地方荒废，开垦艰难，牛种不能早办，有误春耕，海盗及山贼因沿海地方没有清军驻守，更大受掠夺，沿海地区的盗贼也与明郑军队交往，结成海盗，海贼侵边的情况较迂海前更为猖獗，故倡议展界及准许居民返回原居地。经周、王二公上奏后，居民遂于康熙八年（1670）正月迁回故土，但迁海政策仍未全撤，船只不能出海，至康熙二十二年，才撤海禁令，船只得以出海，沿海居民才可合法迂回原址。
迁界令撤去后，广东沿海经济衰落及居民流离的情况日渐改善。雍正年间，新安县主政的官员，因迁海令下，原居新安的民众多因迁居落籍他乡，或逃亡往其他地方，均无意回村，或有客死途中及外地，故较少迁回新安者，这样引致新安田地荒芜及有田没有人耕，只好招集邻近地方人民移居开垦，若地方官未能振兴农业，更会受罚。由是不少自江西、福建、潮州等地外地居民移入香港地区，入迁的客家族群多务农耕地，从福建迁入的族群多长于捕鱼，而昔日采珠及出海香木的事业因迁界令已不复旧貌，移入的群族多于新界及杂岛各地定居，居民也渐多以渔农事业为主要经济来源，如榕树湾、大埔仔的温氏族群，元朗大旗岭的钟氏族群，大屿山塘福、元朗横台山的邓氏族群，西贡大水坑、大埔林村的成氏族群，大埔梧桐寨的文氏族群，元朗十八乡水蕉围的杨氏族群，上水村园、丙岗、金钱的侯氏族群，上水华山廖氏族群等，多于康熙后迁入今天香港地区一带，此也与迁海令废除后，新安地方官员鼓励渔农业发展甚有关系。许多位于香港现存的村落或社区，也是于迁界令废去之后才立村的，如锦田村、竹园围、水蕉围、新田村、香港村、沥源村、乌溪尾、蚝涌、龙跃头、泰坑村、林村、小沥源等，县内各地人口日渐充实，促使乾隆年问新安县人口较复界之初大幅增加。
同时，香港区内农田开垦较多于复界之初，在复界初期只有新界的平原、河谷地方及离岛沿岸的地方，嘉庆年间，元朗的英龙围、大塘村，锦田的新隆村、石冈村、田心围，厦村的厦川村、新围村，屏山的屏山香元围、屏山村，十四乡的乌溪沙、马鞍山、樟木头，大埔的丰园村、文屋村，香港岛的黄泥涌、香港村，九龙半岛的衙前村、九龙寨、牛池湾，屯门的屯门村、青龙头等村落的建成，就是因为移入居民多因农耕及捕鱼致立村庄，又或因为迁海令后，回乡的民众日渐繁衍而立村的。复界后，香港一地的居民既因务农及捕鱼维生，也因香港地处南中国海域，多海湾及岛屿，可供渔船停泊，又为一块盛产鱼类的地方，由是带动区内农业及渔业的发展。此外，复界后，地方经济日渐恢复，支持地方文教的复兴；加上不少客籍人士尤重勤劳，应试易受取录，由是推动香港一带教育事业的发展。迁海之初，新安县学舍及房屋多被破坏，自复界后，县内书院及社学日渐复课，较为重要的书舍有文冈书舍、宝安书舍，新界的居民也多在这些位于县城内的书舍求学，而在锦田的周王二公书院、二帝书院，在大埔区的敬罗家塾，在上水区的万可堂廖氏宗祠、显承堂龙参公家塾，在沙头角区的镜蓉书屋，在屏山的屏山邓氏宗祠、觐廷书室，元朗旧墟的植槐书室等，或在复界后重建，或在复界后始建，使新界文教大兴，造就香港一地人才。
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