共代谢的作用常常使非生长基质发生结构的转变，却不能彻底地将它降解。例如生长在苯甲酸中的微生物能够氧化3-氯苯甲酸为3-氯邻苯二酚和4-氯邻苯二酚，由于氯邻苯二酚不能继续作为该微生物环裂解酶的作用基质而称为最终产物。同样生长在甲苯上的P.putida也能够共代谢氯苯，生成终端产物氯代邻苯二酚。因此，要使它彻底转化，必须有多个菌种的存在。
共代谢中生长基质的选择是很重要的，许多化合物尽管都可能称为微生物的生长基质，但诱导产生的酶可能不尽相同。例如，John等人用葡萄糖、甲烷、酚和甲苯富集好氧培养物，并用16种氯代化合物对它们进行了驯化，经驯化后的微生物用于对几种氯酚的生物转化进行研究，结果表明用甲苯富集的培养物能够降解五氯酚和2，4，6-三氯酚，而用葡萄糖、甲烷或酚富集的培养物对它们表现出很少甚至没有活性，而用酚和甲苯混合物富集的培养物却能迅速降解2，4-二氯酚，不能降解2，6-二氯酚或2，4，5-三氯酚。一般来说，生长基质与非生长基质在分子骨架结构类似时，生长基质诱导的酶很可能非专一性地共代谢非生长基质。
综上所述，许多氯代芳香化合物不能直接被微生物作为生长基质，但是它可通过共代谢改变其结构而容易为其他微生物所降解。事实上，环境中许多难降解有毒化合物的转化都是通过共代谢来完成的。因此，为了解某一种难降解有机物，可以利用一种合适的生长基质的存在来诱导所需的酶一级产生足够的能量来驱动难降解有机物的最初转化。
共代谢广泛存在于共基质的降解过程中，作为一种代谢机制，不仅有助于更加准确地认识环境中存在的共代谢情况下物质的生物降解，而且为寻求难降解有机物的生物降解技术提供了新的思路。
五、培养基的分类
无论是富集培养还是纯种分离，都要涉及到培养基的配置。配置培养基有四个基本原’则：目的明确、营养协调、理化条件适宜、经济节约。对于石油化工环境中的微生物而言，无论是用来修复受石油污染的环境，还是免除石油开采过程中有害微生物的影响，都需要在培养基的配置过程中模拟原生态环境，使筛选出来的菌种更容易适应，有更好的降解效果，或者较全面地分离到石化环境中的有害微生物。此外，石化环境中的微生物研究目前仍有很大未知部分，在设计培养基的时候，还要广泛查阅文献，并结合实际研究点进行各种试验研究，精心设计，确定培养基营养及其成分配比、理化条件。在实际应用中，受污染的环境由于其地理位置、气候、土壤特性、植被等的不同而有一定差异。在石油开采中，贮藏地点、条件原油类型不同也会影响到微生物种类，因此模拟原生环境通过试验对比精心设计并选择培养基有很重要的意义。
微生物种类不同，所需培养基不同；同一菌种用于不同使用目的时，对培养基的要求也不一样，形成不同类型的培养基。几种常用培养基的组成见表2-4。
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