直系直接控制北京政府后，吴佩孚厉兵秣马，加快了统一步伐，这也让直系和其他派系之间的关系更加紧张。随着直系日渐成为众矢之的，第二次直奉战争于1924年9月拉开大幕，交战双方仍旧是直系和以奉系为主的“反直三角联盟”。同以往雷声大、雨点小的军阀交战不同，这次战争是一场地地道道的恶战，双方都投入了包括陆海空军在内的巨大兵力，规模直逼第一次世界大战。吴佩孚原本大有希望取得胜利，完成统一大业，彻底终结军阀对峙的局面，但是最终由于部下冯玉祥于10月倒戈回京而遭到惨败，只得匆匆退往华中。冯玉祥发动北京政变，软禁大总统曹锟，推翻了直系政府。由于一直对保留清朝小朝廷颇为不满，冯玉祥还顺便将18岁的末代皇帝溥仪逐出故宫。修正后的清室优待条件永久废除了皇帝尊号，并将每年的补助从400万元减到50万元。溥仪成为一名普通的中华民国国民，不久之后黯然移居天津租界，另寻出路。
由于威信不高，冯玉祥此时不得不请蛰居天津的段祺瑞出山，其他各方也都没有异议。已经失去军事实力的段祺瑞得以于1924年11月出任中华民国临时政府执政，收拾北方时局。虽然战乱告一段落，但是这场战争仍没有产生真正的赢家，北洋体系内部也不再拥有任何能够以武力慑服各方的强势人物。在各个派系势均力敌的情况下，段祺瑞准备召集地方实力派代表举行善后会议，希望可以借此机会集中军权和财政，巩固临时政府的基础，从而在“武力统一”无望的局势下实现“和平统一”。
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