根据对紫外线x射线和乙烯亚胺等诱变效应的研究结果，发现正变较多地出现在偏低的剂量中，而负变则较多地出现于偏高的剂量中，还发现经多次诱变而提高产量的菌株中，更容易出现负变。因此，在诱变育种工作中，目前比较倾向于采用较低的剂量。例如，过去在用紫外线作诱变剂时，常采用杀菌率为99％的剂量，而近年来则倾向于采用杀菌率为30％～75％的剂量。
（4）利用复合处理的协同效应诱变剂的复合处理常呈现一定的协同效应，因而对育种有利。复合处理的方法包括两种或多种诱变剂的先后使用、同一种诱变剂的重复使用、两种或多种诱变剂的同时使用等。
（5）突变体的筛选诱变处理使微生物群体中出现各种突变型，其中绝大多数是负变株。要获得预定的效应表型主要靠科学的筛选方案和筛选方法，一般要经过初筛和复筛两个阶段的筛选。初筛一般通过平板稀释法获得单个菌落，然后对各个菌落进行有关性状的初步测定，从中选出具有优良性状的菌落。例如，对抗生素产生菌来说，选出抑菌圈大的菌落；对于蛋白酶产生菌来说，选出透明圈大的菌落。此法快速、简便，结果直观性强。缺点是培养皿的培养条件与三角瓶、发酵罐的培养条件相差大，两者结果常不一致；复筛指对初筛出的菌株的有关性状作精确、的定量测定。一般要在摇瓶或台式发酵罐中进行培养，经过精细的分析测定，得出准确的数据。突变体经过筛选后，还必须经过小型或中型的投产试验，才能用于生产。
（三）细胞工程育种
生产上，长期使用诱变剂处理，会使菌种的生活能力逐渐下降，有必要采用细胞工程育种方法，提高菌种的生产能力。细胞工程方法包括杂交育种和原生质体融合育种，其特点是在细胞水平上对菌种进行操作，采用杂交、接合、转化和转导等遗传学方法，将不同菌种的遗传物质进行交换、重组，使不同菌种的优良性状集中在重组体中，从而提高产量。
（四）基于代谢调节的育种技术
随着生物化学、遗传学及分子生物学的发展，各种生物合成代谢途径及代谢调节机制被阐明。人们能通过控制发酵条件，来解除反馈调节，实现代谢调控发酵。还能利用代谢工程育种达到大量积累产物的目的。代谢工程育种是指通过特定突变型的选育，达到改变代谢通路，降低支路代谢终产物的生产或切断支路代谢途径及提高细胞膜的透性，使代谢流向目的产物积累方向进行。
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