《<黄帝内经>学术思想研究》内容共包括七章：第一章，概论，介绍《内经》的作者、成书时代及当时的东西方医学比较，并对其学术思想概要评价；第二章，阴阳理论研究，剖析哲学阴阳与医学阴阳的异同，并着重从阴阳应象、生气通天、有名无形、阴阳升降、阴阳相对、四时五脏阴阳等方面进行介绍；第三章，藏象理论研究，探析藏象理论的形成源流，并对其中有争议的诸多问题进行探讨；第四章，经络理论研究，阐述经络系统的原貌及对后世的影响；第五章，脉学理论研究，介绍脉诊基本原理与技术、常见脉象主病等内容——特别是《内经》着重论述的四时脉、真脏脉；第六章，病因病机学研究，介绍《内经》特有的病因、发病、病机理论；第七章，病证与治则治法研究，介绍后世常见的二十余种病证以及对后世影响较大的治则治法。

　　第七节 医学阴阳与哲学阴阳
　　阴阳学说，既是医学的，又是哲学的。关于这一问题讨论很多，如何认识，涉及对中医学理论的评价和对中医学学科属性的认识。
　　原则上说，哲学范畴与自然科学概念应该是不同的，即使两者的名称相同，含义也有差别。然而，由于历史的原因，哲学范畴（如阴阳）至今还和自然科学概念没有实质性差别，有些哲学范畴（如气）虽然已和自然科学概念区别开了，但人们在理解时，又往往不自觉地把二者混同起来，因此，造成了很多理论上的麻烦。
　　由于《内经》及其之前的时代，自然科学与哲学尚未分化，许多医学概念与哲学范畴往往是合为一体的。因此，对于有的中医学概念，可以从科学的实证性与哲学的思辨性等不同层次的意义上去认识理解。
　　如“气”这一概念，既是中医学的，又是哲学的。从概念与范畴的差别来看，中医学的气概念与哲学的气概念具有一体两层性，是一个本体的两个层次，在中医学里气概念已经实现了从哲学向医学的转化。
　　而阴阳则没有哲学与医学之分，其本质是一种关系的说明，中医学概念与哲学范畴无本质上的差别。对于阴阳这一概念可以这样表述：阴阳属中国古代哲学范畴，是对自然界相互关联的某些事物和现象对立双方的概括，含有对立统一的概念，主要用以标明事物的属性特征和说明事物内部及事物之间的关系。
　　关于医学阴阳与哲学阴阳的讨论，笔者有专论发表，附于后，供大家讨论。
　　附：阴阳无医学与哲学之分（陈利国）
　　近年来。关于阴阳实质的研究，在理论方面取得了一些进展，但也发现了一些问题。分析这些问题的关键，主要不在于研究角度和理论观点的不同。而在于指导思想和立足点的差异。因为仅存在着研究角度和理论观点的不同，只要所研究的目标一致，最终会得出相同或相似的结论。但若存在着指导思想上的差异，就会出现理论上的严重分歧，导致把研究阴阳市质问题具休化，形成以气为阴阳的物质基础，把阴阳实质与气的实质混淆的局面。本文就什么是阴阳、什么是人身阴阳、阴阳的本质与人身阴阳的本质有什么区别、探讨人身阴阳的物质基础有什么意义等问题谈点个人看法。
　　1.什么是人身阴阳
　　《素问·宝命全形论》说：“人生有形，不离阴阳。”那么，什么是“人身阴阳”？《素问·金匮真言论》说：“阴中有阴，阳中有阳。平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。故人亦应之。夫言人之阴阳，则外为阳，内为阴。言人身之阴阳，则背为阳，腹为阴。言人身之脏腑中阴阳，则脏者为阴，腑者为阳。肝心脾肺肾五脏皆为阴，胆胃大肠小肠膀胱三焦六腑皆为阳。所以欲知阴中之阴，阳中之阳者何也。……故背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。此皆阴阳表里内外雌雄相输应也。故以应天之阴阳也。”
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前言
第一章 概论
第一节 《黄帝内经》的作者与成书时代
第二节 《黄帝内经》时代东西方医学的比较
第三节 《黄帝内经》的学术思想及其评价

第二章 阴阳理论研究
第一节 阴阳应象
第二节 生气通天
第三节 有名无形
第四节 阴阳升降
第五节 阴阳相对
第六节 四时五脏阴阳
第七节 医学阴阳与哲学阴阳
第八节 道法自然与本根阴阳

第三章 藏象理论研究
第一节 藏象概论
第二节 藏象理论（一）——五脏论
第三节 藏象理论（二）——六腑论
第四节 藏象理论（三）——营卫气血论
第五节 藏象理论（四）——体质论

第四章 经络理论研究
第一节 经脉
第二节 络脉、经筋、皮部、四海、五输研究
第三节 营卫运行

第五章 脉学理论研究
第一节 脉诊基本原理与技术
第二节 四时脉、真脏脉与妊娠脉
第三节 常见脉象主病

第六章 病因病机学研究
第一节 病因研究
第二节 发病研究
第三节 病机研究

第七章 病证与治则治法研究
第一节 病证（上）
第二节 病证（下）
第三节 治则与治法
参考文献