剩余法是通过对复合现象的复合原因进行剥离分析来实现推理的，因此使用剩余法时应注意以下两点：①必须确定复杂现象与复杂原因的对应关系，否则结论不可靠；②必须确保复杂现象剩余部分的原因是单纯原因，而不是复杂原因，否则必须进行再分析以保证结论的准确。
“穆勒五法”像其他任何自然辨证方法一样，很少孤立地使用。在实际运用中应该灵活地与类比推理法、因素排除法等结合起来使用。在维修事故或事故征候的调查中运用归纳推理法时，有这样一条前提值得注意：飞机同时或在短时间内连续发生两个或两个以上不相关故障的事件是小概率事件。这是由于，现代飞机虽然由几十万个零部件组成，但这些零部件的可靠性一般都比较高。在飞机设计时关键部位一般都采用了多余度设计，如配置两台以上的发动机，电传操纵系统也是多余度设计，发动机的可靠性很高而且发动机的燃油和操控系统都是互相独立的。因此如果小概率事件变成现实，最可能的原因是存在以往经验无法解释的尚未认识到的内在联系。此时应当尽量突破经验的条条框框，反复调查，综合运用各种分析方法，查找现象背后的联系，理性地认识和分析故障现象，才能得出准确的科学结论。
2.2.2演绎分析法
演绎分析法与归纳推理法逻辑顺序相反，是从普遍性结论或一般性事理推导出个别性结论的论证方法，是从一般到个别的推理方法，是人类认识客观世界的一种重要方法，也是进行科学研究，形成概念、检验和发展科学理论的重要思维方法。演绎分析法经常用于对航空装备事故的分析与预测，当对维修事故进行调查时，可根据对飞机残骸、维修现场的考察、证人或当事人的描述，判断可能发生了某种故障，将这种故障作为演绎法的假设前提，对造成此故障的各种可能原因进行分析，试图找出是什么元件、什么模式造成了事故。故障树分析法是在事故调查中常用的一类演绎分析方法。
故障树分析法是美国贝尔电话研究所的沃森在研究民兵式导弹发射控制系统安全性时提出来的，后经波音公司发展，被美国国防部采用，作为预防和分析故障的一种重要方法。故障树分析包括定性分析和定量分析，是系统可靠性和安全性分析的重要工具之一，其定性分析的目的是为了寻找导致与系统有关的不希望事件发生的原因和原因组合，即寻找所有的故障模式；定量分析主要是通过给定所有底事件的概率来求出顶事件发生的概率及其他定量指标。故障树的详细构建方法和步骤在3.3.2节给出了翔实的介绍。
不同于故障树在系统可靠性与安全性分析中的应用步骤，在事故调查或故障分析中，顶事件就是已发生的事故或导致事故的系统失效或某种失效模式，如发动机停车、油门踏板无法收回等。主要的分析工作是确定导致顶事件发生的可能事件组合，以探寻由元件、部件失效或人为失误等事件引起顶端事件发生的逻辑关系。可以根据建立起的故障树模型，综合其他方法得到检验结果，按照演绎分析法的顺序从上往下推理，逐一分析判断每个事件在本次事故或故障中是否成立，从而得出故障或事故的原因。
当用演绎分析法对事故的因果关系进行分析时，故障或事故是已经发生的事实存在，这就保证了前提的可靠性，但推理的过程只能从逻辑上确保其结论的有效性，而不能从内容上保证其结论的真理性，因此用演绎分析法得出的事故因果关系结论是否正确还需要通过实践与其他科学方法予以检验。
2.2.3类比推理法
类比推理法不同于归纳推理法从个别到一般的推理过程，也不同于演绎分析法从一般到个别的推理过程，它是根据两个或两类不同对象的部分属性或功能相同或相似，推论出它们的其他属性或功能也可能相同或相似的推理方法。类比推理法是一种从一般到一般，从个别到个别的推理方法。
在事故调查中类比推理法往往对一些问题给予推测性的回答，这有助于确定调查方向，为调查员提供进一步调查研究的可能性，并确定调查的重点和切入点。如1983年3月8日，某航校副中队长驾驶歼8飞机进行复杂特技科目飞行时，发现左发动机排气温度表指零，接着又发现右发、左发火警信号灯相继报警，地面指挥返场，但此时飞机自动抬头，进入不稳定状态，飞机无法控制，在高度1800m时飞行员被迫跳伞，造成二等飞行事故。
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