宋真宗赵恒声称自己的始祖是神仙赵玄朗，他诏令官方文书不得冒犯始祖之名，于是“玄武”为避讳而改名“真武”。宋真宗还为真武建了一所道观，加封他为“真武灵应真君”。南宋时期出现了真武图像，当时把他画成威猛神将的样子，所穿的衣服多是黑色。《云麓漫钞》说：“（真武）其像为北方之神，披发，黑衣，仗剑，踩龟蛇，从者执黑旗。”元明清时期的真武画像大多采用这样的形象。
元代《历世真仙体道通鉴》记载，真武神曾应道士林灵素和天师张虚静之请从天而降，出现在宋徽宗的朝堂上，真武神的模样是：“长丈余，端严妙相，披发，皂袍垂地，金甲大袖玉带，腕剑跣足，顶有圆光，结带飞绕。”这样的真武神形象，披散头发，黑色衣服，携带宝剑，光着双脚，在众多的天神当中是很独特的。
明朝末年，余象斗编著通俗小说《北游记》，详细叙述了真武大帝（即俗称祖师）下凡修道的故事。这部小说描写道：祖师原本就是玉帝，因为他羡慕刘天君家的七宝闪烁的接天树，将自己三魂中的一魂化身投胎，来到刘天君家当儿子，取名刘长生。由于凡心未净，后来祖师的这一魂又第二次投胎，转生到哥阁国为太子，十三岁即位做国王。此后，他的凡心仍没有脱尽，又第三次转生为西霞国太子，十五岁即位做国王。妙乐天尊担心祖师在人间贪享富贵，丧失本性，就变化成道士，到人间度脱他返回天宫。祖师接受了指点，经过修炼返回天宫，受玉帝之命主管三十六天将，却发现这三十六员天将在自己下凡间期全都跑到人间去了。玉帝即令祖师到人间将三十六天将收归天庭。祖师随即投胎到净洛国为太子，在斗姆元君的指点下，来到太和山修道。经过四十多年修炼，道行已高，玉帝差遣使者奉天书一道，加封祖师为“玉虚师相北方玄天上帝”。祖师又到人间斩妖荡魔，收服了走失的三十六天将，然后一起返回天庭。玉帝加封他为“混元九天万法教主玉虚师相玄天上帝、荡魔天尊”，每年十二月二十五与众将同游下界，巡察善恶。这部小说把真武祖师写成玉帝的一个分身，是玉帝产生了做凡人的欲望，于是将他自己三魂中的一魂分出来，投胎到人间，在经过曲折的修炼，修成天仙大道，在人间斩除妖魔，建立功勋，然后重新返回天庭，被玉帝加封为“玄天上帝”。
《神仙通鉴》对真武祖师的故事有另外一种讲法：真武祖师托胎在玄天净乐国王善胜夫人腹中，怀孕十四个月，从善胜夫人的左肋降生，一生下来就显示出超人的灵性，取名太玄。他十五岁时，辞别双亲，来到太和山修炼。可是，他修炼一段时间后，因为山中缺少食物，饥饿难忍，就产生了下山的念头。在下山路上，他遇到一位老婆婆在河边磨铁棒，祖师问她：“磨这个铁棒干什么？”老婆婆说：“要把铁棒磨成一根针。”祖师笑道：“这么粗的铁棒，你磨到什么时候才能磨成针呢？”老婆婆说：“只要工夫深，铁棒磨成针！”祖师听了她的话，感悟到修道也是这个道理，于是返回山中。他在路上折了一截梅树枝，放在榔树上，祝祷道：“我修成大道时，让这一截枯枝开花结果！”后来他坚持不懈，修成了大道，那段枯枝果然开花结果了。祖师从此居住在山上，又修炼了七七四十九年，终于修成通天大道，玉帝尊他为“玉虚师相”。
“玉虚师相”也成了真武大帝的别名，崇福道院以前的真武殿门口上方的匾额上就有这四个烫金大字。
真武大帝是北方之神，也是一位军神。明清时期，真武神在战争中显灵的传说非常多，特别是明朝初年燕王朱棣在北京起兵，以“清君侧“为借口，发动了所谓的“靖难之役”，推翻建文帝朱允炆的统治，自己登基做了皇帝。朱棣将要起兵时，军师姚广孝自称是真武的弟子，他能请来老师助战。到起兵那天祭旗的时候，人们果然看到天上风起云涌，隐约之中似乎有一人，身穿黑衣，披头散发，随从的神兵天将遮天蔽日，从北方纷纷赶来。朱棣认为自己身处北方，真武是北方之神，真武神是来保佑自己的，所以，他起兵后经历了大小七十多场战斗，每战必拜真武。战场上稍有奇怪的事情发生，他一概认为是真武所为。朱棣登基后就是明成祖，曾多次下诏褒奖真武神，宣称：“奉天靖难之初，北极真武玄天帝显彰圣灵，始终佑助，感应之妙，难尽形容，怀报之心，孜孜未已。”他加封真武为“北极镇天真武玄天上帝”，并将太和山改名武当山，取“非玄武不足以当此山”之意。
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