《环境保护法》是环境保护领域的基本法律，宏观上指导自然保护区的管理。
（2）《中华人民共和国自然保护区条例》
最直接和最重要的管理我国自然保护区的法规依据是1994年10月9日国务院颁布的《中华人民共和国自然保护区条例》（从1994年12月1日起施行）。
《条例》第十八条规定将自然保护区划分为核心区、缓冲区和实验区。自然保护区内保存完好的天然状态的生态系统以及珍稀、濒危动植物的集中分布地，应当划为核心区，禁止任何单位和个人进入；除依照本条例第二十七条的规定经批准外，也不允许进入从事科学研究活动。核心区外围可以划定一定面积的缓冲区，只准进入从事科学研究观测活动。缓冲区外围划为实验区，可以进入从事科学试验、教学实习、参观考察、旅游以及驯化繁殖珍稀濒危野生动植物等活动。第二十六条规定禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等活动。
与自然保护区密切相关的部门分别就其直接管理自然保护区制定了部门规章制度：如《森林和野生动物类型自然保护区管理办法》、《海洋自然保护区管理办法》、《地质遗迹保护管理规定》、《水生自然保护区管理办法》等，它们对不同类型自然保护区的管理做了具体规定。一部分省份制定了相应省级的自然保护区相关管理办法和实施条例。
（3）《中华人民共和国野生动物保护法>
1988年11月全国人民代表大会通过了《中华人民共和国野生动物保护法》，于1989年3月1日实施。《野生动物保护法》是为保护、拯救珍贵、濒危野生动物，保护、发展和合理利用野生动物资源，维护生态平衡制定的。《野生动物保护法》及其配套体系，为我国自然保护区野生动物保护工作，特别是查处非法狩猎等活动提供了法律依据和行动准则。
配合该法的实施，1989年月1月，林业部和农业部发布了《国家重点保护野生动物名录》，分为国家I级和II级重点保护野生动物。2000年5月，制定了《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。1992年3月，林业部发布了《中华人民共和国陆生野生动物保护实施条例》，1993年10月，农业部发布了《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》。
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