三甲复脉汤主治下焦温病热深厥深证，临床表现为脉细促、心悸怔忡甚至心痛，在二甲复脉汤的基础上加生龟甲，以震慑肾气，补充任脉，以水救火。
吴氏所创立的一甲、二甲、三甲复脉汤，养阴虽一，却有涩、镇、济之不同，若下后阳虚而防滑脱者，则用一甲养而涩之；若阳虚而阳不潜者，则用二甲养而镇之；若阳虚而不能上济于心者，则用三甲养而济之。同一加减复脉汤，仅在牡蛎、鳖甲、龟板三种药物之间做了一些调整，其不同效用若此，非学养与经验丰富者，难尽曲妙之功。
此外，吴氏还创立了增液润肺以护胃津的增液汤，治疗肺胃津伤的五汁饮、雪梨浆，治疗肝肾阴伤虚风暗动的大、小定风珠等，对温病的养阴立法，可谓备至矣。（二）遣药制方特点吴鞠通能够做到师古而不泥古，勤于思考，勇于实践，推陈出新，才在张仲景六经辨证、叶天士卫气营血辨证的基础上创立了三焦辨证，从而发展了中医辨证理论体系，在治法与方药上虽有些是师承于张仲景、叶天士，但也并非是一概照搬，而是根据不同的证候，灵活加减，并且创造了许多新的有实用价值的方剂，足见其博览群书，广采众长，崇经而不囿古的治学思想。
吴氏在运用经方、局方、时方以及其他一些医家方剂的基础上，通过辨证加减或临床总结，又研制出了许多新的方剂。如复脉汤系列，有加减复脉汤、救逆汤、三甲复脉汤、大定风珠诸方；再如承气汤系列，有宣白承气汤、增液承气汤、导赤承气汤、牛黄承气汤、护胃承气汤、新加黄龙汤诸方，这些方剂均仿仲景之意，根据温病易伤阴液的特点，以《伤寒论》调胃承气汤加减变化而成。除上述系列方剂外，吴鞠通自制的银翘散、三仁汤等更是被后世医家所推崇，至今临床上仍广为应用。
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