早在万历末年，努尔哈赤开始进攻明朝，先攻占了抚顺、清河，接着占领了开原、铁岭，然后又攻克了辽东重镇沈阳和首府辽阳，明军丧师失地，节节后退。以后，努尔哈赤又挥师渡过辽河（三岔河），从辽东进入辽西，攻打广宁，辽东巡抚王化贞弃城而逃，与经略熊廷弼一起逃回山海关。至此，关外几乎全被后金占领。山海关危急，直接威胁到京师。在这种形势下，熹宗接受了大臣们的请求，命孙承宗为东阁大学士兼兵部尚书。孙承宗上任后，针对当时军事体制与作战指挥上的弊端，上疏条陈，谋求改革。他还要求朝廷抚辽西、恤辽民、简京军等，这些建议都得到了熹宗的批准。当时，辽东经略王在晋主张“拒奴抚虏，堵隘守关”。也就是以金钱收买蒙古对付后金，并且再在山海关外修一座关城。由于情况不明，首辅叶向高难以断定。孙承宗于是提出前往实地考察，再作决断。他抵达山海关后，认真巡视山海关及王在晋所主张建筑的八里铺新城，对王在晋画地为牢、坐以待毙的危险倾向给予了严厉批评。他在听取各方面意见，权衡利弊得失后，支持袁崇焕主守宁远的意见。他回到北京，随即向熹宗阐述了坚守宁远，以与觉华岛守军互为犄角、遥相呼应的战略计划，并正式提出了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的战略方针，并建议解除王在晋的兵部尚书及辽东经略之职。熹宗接受孙承宗的意见，将王在晋调任南京兵部尚书。王在晋调走后，山海关的防务开始贯彻孙承宗与袁崇焕主守关外的战略。此后，经数年艰辛的努力，终于布成了一道坚固的关（山海关）宁（远）锦（州）防线。从努尔哈赤到皇太极，这道防线不仅确保了山海关，而且在此后的二十余年问，基本上稳定了辽西走廊的战局。同年八月，孙承宗被任命为辽东经略。他即着手实施其战略计划，积极部署宁锦防线。
天启三年（1623年）九月，孙承宗命祖大寿修复宁远，并令驻军尽速恢复山海关至宁远沿线被焚弃各城。召辽人回故居，垦荒屯田，重建家园，以充实民力，确保军需。宁远城竣工后，又调派袁崇焕镇守，孙承宗自己则坐守山海关。随着宁远城守的日渐巩固，明军防线不断延伸。但是，就在孙承宗锐意巩固边疆之际，却遭到了来自魏忠贤的打击。十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，报请于十一月十四日入朝贺万寿节，并面奏机宜。魏忠贤得知后，恐其拥兵“清君侧”，于是跪在熹宗的床前一番痛哭。熹宗为之心动，当即命内阁拟旨，以“无旨擅离信地，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用此事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛逆显然”，好在熹宗并没有理会。
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